员工崴脚后未及时告知公司，事后发现骨折且存在二次伤害的情况，并不直接导致其不能被认定为工伤，但可能会影响工伤认定的过程和结果。以下从不同角度为您详细分析：
一、工伤认定的基本条件
根据《工伤保险条例》的相关规定，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。这包括两个核心要素：一是“工作时间和工作场所内”，二是“因工作原因”。在您描述的情况中，员工崴脚若发生在工作时间内和工作场所内，且与工作相关，那么原则上符合工伤认定的基本条件。
二、未及时告知公司的影响
证据收集难度增加：员工未及时告知公司其受伤情况，可能导致公司未能及时进行事故调查、收集相关证据，如现场照片、目击者证言等。这可能会在后续的工伤认定过程中增加证据收集的难度。
二次伤害的认定：若员工事后发现骨折，并声称存在二次伤害，这需要专业的医疗鉴定来确认骨折与初始崴脚之间的因果关系，以及二次伤害的具体情况和原因。如果医疗鉴定能够证明骨折与初始崴脚有直接关联，且二次伤害并非由员工自身故意或重大过失造成，那么这不应成为阻碍工伤认定的因素。
公司可能的抗辩：公司可能会以员工未及时告知受伤情况为由，质疑工伤的真实性或与工作之间的关联性。但这一抗辩并不足以直接否定工伤的认定，除非公司能提供充分的证据证明员工的受伤与工作无关。
三、法律建议
及时申请工伤认定：员工应尽快向公司报告受伤情况，并要求公司协助申请工伤认定。如果公司拒绝或未及时申请，员工可以自行向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。
收集并保留证据：员工应尽可能收集与受伤相关的证据，如医疗记录、现场照片、目击者证言等。这些证据将在后续的工伤认定过程中发挥重要作用。
寻求专业医疗鉴定：对于骨折与初始崴脚之间的因果关系以及二次伤害的具体情况，员工应寻求专业的医疗鉴定。医疗鉴定报告将是工伤认定过程中的重要依据。
咨询专业律师：在整个过程中，员工可以咨询专业律师以获取法律建议和帮助。律师将能够根据具体情况为员工提供针对性的法律策略和指导。