在共同犯罪案件中，如果涉及未成年被告人，确定管辖法院以及审理程序主要依据的是《刑事诉讼法》及其相关司法解释，特别是关于未成年人刑事案件审理的特殊规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、管辖法院的确定原则
一般原则：
- 刑事案件的管辖通常遵循“犯罪地为主，居住地为辅”的原则。即犯罪行为发生地或者犯罪结果发生地的人民法院通常具有管辖权。如果被告人的居住地与犯罪地不一致，也可以由居住地的人民法院管辖。
未成年人刑事案件的特殊规定：
- 根据《刑诉解释》第四百六十三条，如果被告人实施被指控的犯罪时不满十八周岁，且人民法院立案时不满二十周岁，这类案件通常由少年法庭审理。这包括被告人被指控为首要分子或者主犯的共同犯罪案件。
- 对于其他共同犯罪案件中有未成年被告人的情况，或者涉及未成年人的其他刑事案件，是否由少年法庭审理，由法院院长根据少年法庭工作的实际情况决定。
二、审理程序与管辖的协调
分案起诉与合并审理：
- 如果未成年人与成年人共同犯罪案件被分案起诉至同一人民法院，根据《刑诉解释》第四百六十四条，可以由同一个审判组织审理；如果不宜由同一个审判组织审理，可以分别由少年法庭、刑事审判庭审理。
- 如果案件由不同人民法院或者不同审判组织分别审理，有关人民法院或者审判组织应当互相了解共同犯罪被告人的审判情况，以确保全案的量刑平衡。
指定管辖：
- 根据《刑诉解释》第四百六十五条，对未成年人刑事案件，必要时，上级人民法院可以根据《刑事诉讼法》第二十六条的规定，指定下级人民法院将案件移送其他人民法院审判。这通常发生在需要确保未成年人得到特殊保护，或者原管辖法院存在不适宜审理的情况时。
三、实际操作中的注意事项
- 保护未成年人权益：在处理涉及未成年人的共同犯罪案件时，应特别注意保护未成年人的合法权益，包括其隐私权、受教育权等。
- 量刑平衡：在分别审理未成年人与成年人共同犯罪案件时，应确保全案的量刑平衡，避免出现对未成年人或成年人量刑过重或过轻的情况。
- 沟通协调：如果案件由不同人民法院或审判组织分别审理，相关法院或审判组织应加强沟通协调，确保审判工作的顺利进行。
综上所述，在共同犯罪案件中涉及未成年被告人时，确定管辖法院应遵循一般刑事案件的管辖原则，并同时考虑未成年人刑事案件的特殊规定。在审理过程中，应特别注意保护未成年人的权益，确保量刑平衡，并加强相关法院或审判组织之间的沟通协调。