结论前置：针对工程鉴定申请交到法院两个月还未回复的情况，可采取以下措施：

1. 主动联系法院了解进展：

   • 首先，建议主动联系受理案件的法院，通过电话、邮件或书面方式向案件承办法官或书记员询问鉴定申请的审查进度。法院可能因案件积压、材料审核或鉴定机构选择等原因导致处理延迟，及时沟通有助于明确问题所在。
   • 若法院未明确回复，可要求出具书面说明，载明未处理的原因及预计时间，为后续行动提供依据。

2. 核查申请材料是否完整：

   • 回顾提交的鉴定申请材料，确认是否包含鉴定事项、依据、鉴定机构资质要求等必要内容，以及是否附有相关证据（如合同、施工记录、检测报告等）。材料缺失或不符合要求可能导致法院退回或延迟处理。
   • 若发现材料问题，应立即补充完善并重新提交，同时附上补充说明，避免因形式瑕疵影响进度。

3. 申请法院出具书面受理通知：

   • 根据《民事诉讼法》及相关司法解释，法院对鉴定申请的审查期限通常为7日（特殊情况可延长）。若超过合理期限未回复，可书面要求法院出具受理通知或不予受理的裁定，明确其处理意见。
   • 若法院拒不回复，可依据《法官行为规范》向上一级法院或同级监察部门投诉，要求督促法院履行职责。

4. 考虑更换鉴定机构或申请专家辅助人：

   • 若鉴定申请长期未获处理，可与法院协商更换符合资质的鉴定机构，或根据《民事诉讼法》第82条申请专家辅助人出庭，就专业问题发表意见，以推动案件进展。
   • 需注意，更换鉴定机构需经法院同意，且不得违反回避规定。

5. 通过诉讼程序督促法院处理：

   • 若法院无正当理由拖延处理鉴定申请，导致案件久拖不决，可依据《民事诉讼法》第153条以“审理期限届满”为由申请上一级法院提级审理，或通过信访渠道反映问题，要求法院加快处理。
   • 需保留向法院催告的书面证据（如邮寄凭证、录音等），以证明已积极主张权利。

行动建议：建议优先通过书面方式与法院沟通，并留存所有往来材料。若法院仍不作为，可结合上述措施综合推进，必要时委托律师协助处理，以确保程序合法性和效率。