针对您提出的问题，即合同已签但设备使用还需甲方领导同意，应该写申请还是请示函，我的建议是撰写一份正式的请示函更为合适。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、请示函与申请的区别及适用场景
请示函：通常用于下级机关或个人向上级机关或领导请求指示、批准或汇报工作等。它更侧重于表达一种请求或汇报的意愿，并期待上级给出明确的指示或答复。在您的情况下，由于设备的使用需要甲方领导的同意，因此撰写请示函可以更正式地表达您的请求，并期待甲方领导给出明确的答复。
申请：一般用于个人或组织向有关部门或单位提出某种要求或请求，如申请资金、申请项目等。它更侧重于表达一种需求或愿望，但不一定期待立即得到明确的答复。在您的场景中，由于您需要的是甲方领导的明确同意，因此申请可能不如请示函来得直接和有效。
二、请示函的撰写要点
标题：应明确标注为“请示函”，以便甲方领导一目了然。
称谓：应准确称呼甲方领导，如“尊敬的XX领导”。
正文：
结尾：应使用礼貌用语，如“此致 敬礼”，并附上您的姓名和联系方式。
三、其他建议
保持沟通：在撰写请示函的同时，也可以考虑与甲方领导进行口头沟通，以更直接地表达您的请求和期待。
准备备选方案：如果甲方领导对设备使用有疑虑或提出其他要求，您应提前准备备选方案或应对措施，以便能够迅速响应。
遵循合同条款：在请求甲方领导同意设备使用的同时，也应确保您的请求符合合同条款和相关法律法规的规定。
示例请示函：
尊敬的XX领导：
您好！
我是XX公司的XX，与贵方签订的XX合同已正式生效。根据合同约定及项目进展需要，我们计划于XX时间开始使用相关设备。然而，由于设备使用涉及贵方内部管理流程，特此向您请示，恳请贵方领导批准我们使用该设备。
设备的使用对项目的顺利推进至关重要，它将直接影响到项目的进度和质量。我们深知贵方对设备使用有严格的管理规定，因此我们已做好充分的准备，确保设备的使用符合贵方的要求和标准。
期待贵方领导能够尽快给予答复，以便我们能够及时安排设备的使用，确保项目的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的信息，请随时与我联系。
此致 敬礼！
XX（姓名） XX公司 联系电话：XXX 日期：XXXX年XX月XX日
希望以上分析和建议能够对您有所帮助。如有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。