针对“建设工程施工合同无效已经收到的管理费如何处理”这一问题，我们可以从多个角度进行分析：
一、管理费条款无效，不予支持的情况
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》及相关司法实践，当总承包人（转包人/违法分包人/被挂靠方）将其承包的工程全部或大部分转交给实际施工人，且自身并未投入人员、设备进行施工管理，未履行任何管理、协调、监督等合同义务时，其收取的“管理费”被视为利用资质违规套利的“通道费”或“转让费”。这种情况下，管理费条款因违反法律禁止转包、违法分包的强制性规定而无效。
裁判理由：
- 管理费是基于无效合同产生的，合同无效，管理费条款亦无效。
- 管理费本质上是转包人/违法分包人/被挂靠方的非法所得，应当予以否定性评价。
- 支持此类管理费将变相鼓励和纵容《建筑法》所禁止的转包、挂靠等违法行为，扰乱建筑市场秩序。
实际处理：
- 若实际施工人以建设工程施工合同无效为由请求返还已支付的管理费，人民法院通常不予支持转包人、违法分包人、出借资质的建筑施工企业的返还请求。同时，对于实际施工人请求支付的工程款中包含的管理费部分，法院也不予支持。
二、参照合同约定，支持部分或全部“管理费”的情况
法律依据：
- 当总承包人（转包人/违法分包人/被挂靠方）虽将部分工程分包，但自身仍然实际参与了工程项目的管理，例如提供了技术支持、图纸审核、现场协调、质量安全监督、对外联络、代为支付相关税费等工作，并付出了相应的管理成本和劳动时，法院可能会认为“管理费”的约定包含了对总包人所提供服务的对价。
裁判理由：
- 尽管施工合同整体可能因某些原因被认定为无效，但总包人确实提供了实质性的管理服务，产生了管理成本，在客观上尽到了一定的管理义务。故可考虑其支出成本、双方过错程度、利益平衡等因素，合理分担其管理成本。
- 施工合同无效的原因在于主体不适格而非意思表示瑕疵，参照合同约定处理双方纠纷，能最大限度平衡各方当事人利益，具有公平和合理性。
- 管理费条款亦属于结算条款，无论合同是否有效，均应按合同约定结算价款（但需注意，此处的“按合同约定”并非绝对，而是需结合实际情况和公平原则进行判断）。
实际处理：
- 在这种情况下，法院可能会根据转包人或被挂靠人实际参与管理的程度、支出成本等因素，酌情支持部分或全部管理费。但具体支持比例和金额需由法院根据案件实际情况进行裁量。例如，有观点认为一般不宜超过总工程款的3%。
三、建议与风险提示
对于实际施工人：
- 在合同无效的情况下，如果总承包人未进行任何实际管理，可以主张管理费条款无效，拒绝支付或要求返还已支付的管理费。
- 但需注意，若总承包人实际参与了管理并付出了相应成本，则完全拒绝支付管理费可能面临法律风险。
对于总承包人：
- 尽量避免纯粹的“转包”和“挂靠”，这是确保自身权益受法律保护的前提。
- 更重要的是“履行实质性管理义务”，必须实际参与到工程项目的技术、质量、安全、进度和资料管理中，并保留好相关证据（如项目部成立文件、派驻管理人员的记录等）。
共同注意事项：
- 无论是实际施工人还是总承包人，在处理管理费问题时都应遵循合法、公平、诚信的原则。
- 在发生争议时，建议及时咨询专业律师（比如我），通过法律途径解决纠纷，避免采取过激或违法行为。
综上所述，建设工程施工合同无效后已经收到的管理费如何处理需根据具体情况进行判断。在实际操作中，建议各方当事人根据自身实际情况和法律规定谨慎处理相关问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。