未存储保证金是否需要责令停工，需结合具体情况及法律规定来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、法律规定层面
根据《保障农民工工资支付条例》第五十五条第(二)项规定，施工总承包单位未按规定存储工资保证金或者未提供金融机构保函的，由人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门按照职责责令限期改正；逾期不改正的，责令项目停工，并处5万元以上10万元以下的罚款；情节严重的，给予施工单位限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等处罚。
这一规定明确指出了未存储工资保证金且逾期不改正的法律后果，其中包括责令项目停工。但需要注意的是，责令停工并非直接针对未存储保证金这一行为，而是针对逾期不改正这一后续行为。
二、实际操作层面
责令限期存储：建设主管部门在发现施工单位未存储工资保证金时，首先会责令其限期存储。这是给予施工单位一个改正的机会。
逾期不改正的后果：如果施工单位在限期内未存储或未足额存储工资保证金，建设主管部门会进一步责令其限期改正，并可能处以罚款。若施工单位仍不改正，才会考虑责令项目停工等更严厉的处罚措施。
情节严重的认定：在判断是否构成“情节严重”时，建设主管部门会综合考虑多种因素，如未存储保证金的金额、持续时间、对农民工工资支付的影响程度等。只有情节严重到一定程度，才会给予限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等处罚。
三、建议与注意事项
及时存储保证金：施工单位应严格按照规定存储工资保证金，以避免不必要的法律风险和处罚。
关注整改期限：如果因故未能及时存储保证金，施工单位应密切关注建设主管部门给出的整改期限，并在期限内完成整改。
积极沟通与协商：在整改过程中，施工单位应积极与建设主管部门沟通与协商，说明情况并争取理解与支持。
了解当地规定：由于各地可能会依据上位法出台更细致的处罚规定，施工单位还应了解并遵守当地的具体规定。
若你对未存储保证金或相关法律问题有进一步疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。