检察机关对交通事故认定书进行实质性审查时，主要采取以下认定措施：
中立全面审查原则：
- 检察官需站在客观中立的立场上，审慎审查所有卷宗材料，避免仅依据交通事故认定书就形成“先入为主”的结论。
- 在形式审查的基础上，结合全案所有证据进行实质性审查，确保审查的全面性和准确性。
严格因果关系原则：
- 只有刑法意义上的实行行为的危险现实转化为特定的交通事故，才能认定违章行为与特定交通事故之间存在因果关系。
- 检察官在审查时，需仔细分析违章行为与事故之间的因果关系，确保事故责任的认定符合法律逻辑。
经验法则辅助审查原则：
- 在审查交通事故责任划分时，检察官需综合运用司法经验和生活经验，形成内心确信。
- 通过经验法则的辅助，检察官可以更准确地判断事故责任的划分是否合理。
在具体审查方式上，检察机关可以采取以下措施：
阅卷审查：
- 阅卷是检察机关审查交通事故认定书的最直接、最传统的方式。
- 通过仔细阅读卷宗材料，检察官可以了解事故发生的经过、各方过错以及责任划分等情况。
亲历性审查：
- 对事故认定存在疑问或者当事人对事故认定书提出异议的，检察官应积极通过勘查现场、询问当事人、走访周围群众等方式进一步了解事故成因。
- 亲历性审查有助于检察官更直观地了解事故现场情况，从而更准确地判断事故责任的划分。
联合侦查实验：
- 对于重大疑难复杂案件，检察机关可联合公安机关进行侦查实验，模拟事故发生过程。
- 通过侦查实验，检察机关可以更全面地了解事故发生的经过和原因，从而作出更加准确的事故责任认定。
在审查常用条款时，检察机关还需特别注意以下几点：
对“超速”“超载”等明确禁止性规定的审查：
- 检察机关在认定行为人因“超速”负事故责任时，需有充分的证据证明案发当时事故路段的最高限速。
- 坚决摒弃以事前或者事后的限速标志来衡量事故发生时行为人的车速，也不能以建议速度替代最高限速。
对“规范安全驾驶”“文明驾驶”等概括性规定的审查：
- 由于该类规定在实践中的认定较为模糊，检察官需结合客观情况审慎适用。
- 如对于“未按规范安全驾驶”的认定，应在事故认定书中详述未按规范驾驶的具体行为。
对“逃逸”的审查：
- 逃逸的本质是为逃避法律追究而逃跑的行为。
- 检察机关在认定交通肇事逃逸时，需证明行为人是在明知已发生事故的情况下，为逃避法律责任追究而逃离现场。
- 其中，最难的是对“明知”的认定，必须有证据证明行为人是出于逃避法律追究的目的逃离事故现场。
总结与建议：
检察机关对交通事故认定书的实质性审查是一个复杂而细致的过程，需要遵循中立全面审查原则、严格因果关系原则和经验法则辅助审查原则。在具体审查方式上，检察机关可以采取阅卷审查、亲历性审查和联合侦查实验等措施。同时，在审查常用条款时，检察机关还需特别注意对明确禁止性规定、概括性规定和逃逸行为的审查。
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