结论：签订合同总价是否需要减去甲供材料费，需根据合同类型、条款约定及交易习惯综合判断，具体分为以下两种情形：
1. 合同明确约定“总价包含甲供材料”
- 法律逻辑：若合同条款明确载明“合同总价包含甲供材料费用”，则总价无需扣除甲供材料款。此时，甲供材料本质为发包方（甲方）直接采购并供应至施工现场的材料，其费用已通过总价形式由承包方（乙方）间接承担（例如总价中已包含材料管理费、配合费等）。
- 实务风险：若承包方未在报价中考虑甲供材料的配合成本（如卸货、保管、二次搬运等），可能导致实际成本超出总价，引发纠纷。建议此类合同中明确约定甲供材料的配合费用计算方式。
2. 合同明确约定“总价扣除甲供材料”或未约定
- 法律逻辑：若合同条款明确“合同总价=乙方报价-甲供材料费用”，或未对甲供材料处理方式作出约定，则总价需扣除甲供材料款。此时，甲供材料费用由甲方直接支付给供应商，乙方仅对剩余工程内容（如人工、机械、辅材等）负责。
- 实务风险：若合同未明确扣除规则，可能因甲供材料价值认定、供应时间延误等问题导致结算争议。建议此类合同中附《甲供材料清单》，明确材料名称、规格、数量及供应责任。
补充建议
- 合同审查要点：签订合同时，需重点审查“工程价款”“材料供应”“结算方式”等条款，避免因条款模糊导致利益受损。
- 风险防范措施：若为承包方，可要求在合同中增加“甲供材料超耗责任”条款（如甲方供应材料超出定额用量时，由甲方承担超耗部分费用）；若为发包方，可要求增加“乙方配合义务”条款（如乙方未按时接收甲供材料导致延误的，由乙方承担工期责任）。
提示：合同总价与甲供材料的处理方式直接影响双方权利义务，建议根据具体项目特征（如工程类型、材料占比、交易习惯等）定制合同条款。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体合同文本的审查要点。