在处理发包方能否以承包方未开具发票提起反诉的问题时，我们首先要明确的是，这涉及到合同义务的性质以及法律对合同双方权利义务的平衡。

合同义务性质分析

1. 主给付义务与附随义务：

   • 在建设工程合同中，承包方的主给付义务是完成并交付符合合同约定的工程，而发包方的主给付义务则是支付工程款。
   • 开具发票通常被视为承包方的附随义务，即与主给付义务相关联，但并非其核心义务。附随义务的存在是为了保障主给付义务的顺利履行，但其本身并不构成对等给付。

2. “先票后款”条款的效力：

   • “先票后款”条款，即发包方在付款前要求承包方提供等额的增值税专用发票，这种条款在司法实践中存在争议。
   • 否定说认为，开票义务不具有与付款义务相匹配的对待给付地位，因此付款人不享有先履行抗辩权。
   • 肯定说则认为，如果合同明确约定了“先票后款”，且该约定不违反法律强制性规定，则发包方有权要求承包方先开具发票再付款。
   • 折中说则根据具体情况分析，认为在某些情形下，“先票后款”约定不构成拒付理由，但法院需就开票问题一并处理；在另一些情形下，当事人明确约定一方未开具发票，另一方有权拒绝支付工程款的，该约定对当事人具有约束力。

司法实践与案例分析

1. 司法实践倾向：

   • 从司法实践来看，法院在处理此类纠纷时，往往更注重合同双方主给付义务的履行。在承包方已完成工程并交付使用的情况下，发包方以未开具发票为由拒绝支付工程款，通常不会被法院支持。

2. 典型案例：

   • 如新干县人民法院审结的案例中，法院明确指出，相较于主要合同义务，开具发票仅为承包方的附随义务，与被告给付工程款义务不具有对等性。在案涉工程已经竣工验收合格并完成交付的情况下，被告不能以原告未足额开具发票为由拒绝履行支付剩余工程款这一合同主要义务。

法律建议与结论

1. 法律建议：

   • 对于发包方而言，如果合同中明确约定了“先票后款”，且承包方确实未开具发票，发包方可以通过法律途径要求承包方履行开票义务，并可能要求赔偿因未开票导致的损失。
   • 但发包方不能直接以未开具发票为由拒绝支付工程款，因为这可能构成对合同主给付义务的违反。

2. 结论：

   • 发包方通常不能以承包方未开具发票为由直接提起反诉拒绝支付工程款。如果合同中有相关约定，发包方可以要求承包方履行开票义务，并在必要时通过法律途径维护自身权益。但发包方应明确，支付工程款是其主合同义务，不能因附随义务未履行而拒绝履行。