关于公司罚款过高是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”可以回答，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况下的不合法性

1. 法律依据的缺失：

   • 自2008年《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律并未明确赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力。因此，除非有特别规定或合同约定，否则公司对员工进行罚款通常被视为不合法。

2. 公司规章制度的限制：

   • 根据《劳动合同法》，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，必须经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若公司未经此民主程序制定包含罚款内容的规章制度，则该规章制度不合法，依据其进行的罚款也不合法。
   • 即便规章制度经过了民主程序，若其中罚款规定违反法律、法规的强制性规定（如罚款数额过高，严重影响员工基本生活），该规定也是无效的。

3. 公司非执法机关：

   • 罚款作为一种行政处罚措施，其实施主体只能是具有相应执法权的行政机关。公司作为企业法人，并不具备行政执法权，因此无权对员工进行罚款。

二、特殊情况下的合法性

1. 赔偿经济损失：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同约定要求其赔偿经济损失。此时，可从劳动者工资中扣除赔偿金额，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 这种情况下的扣除工资是基于员工对单位造成的实际损失而承担的赔偿责任，与一般的罚款性质不同，且有明确的扣除比例和底线限制。

2. 规章制度合法且公示：

   • 如果公司制定的规章制度经过民主程序，内容合法合理，并已向员工公示或告知，那么在员工违反规章制度时，公司可以依据规定采取一定的经济处罚措施。但这种处罚应被视为基于规章制度的一种违约责任的承担方式，而非传统意义上的“罚款”，且处罚程度应适当。

三、员工权益保护

• 若员工认为公司罚款行为不合法，首先可与公司协商解决；协商不成时，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。

总结与建议

公司对员工的罚款行为并非一概而论地合法或不合法，而是需根据具体情况来判断。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款权力，且公司规章制度制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。然而，在特定情况下（如员工因个人原因给公司造成经济损失且劳动合同中有相关约定时），公司要求员工赔偿损失则具有合法性。

建议：公司在管理员工时，应尽量避免直接罚款，而是通过制定合法合理的规章制度、加强员工培训和教育、采取纪律处分等合法替代措施来规范员工行为。同时，员工在面对公司罚款时，也应了解自己的合法权益，并采取适当措施进行维权。