结论前置：农村自家院子里打井吃水是否违法需分情况讨论，具体处理方式需结合当地法规和实际情况。以下是详细分析：

1. 若当地法规明确禁止私自打井

• 违法性：根据《中华人民共和国水法》第四十八条，直接从江河、湖泊或者地下取用水资源的单位和个人，应当申请领取取水许可证（家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等少量取水除外）。若当地政府已明确划定地下水禁采区或限采区，或要求所有取水行为均需审批，则私自打井可能构成违法。
  
• 处理方式：
  
  • 立即停止使用水井，向当地水行政主管部门（如水利局）补办取水许可证；
    
  • 若已造成水资源破坏或环境污染，可能面临罚款（根据《水法》第六十九条，罚款幅度为2万元以上10万元以下）；
    
  • 配合相关部门调查，主动整改可减轻处罚。

2. 若当地法规允许少量生活取水免于审批

• 合法性：根据《取水许可和水资源费征收管理条例》，家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等少量取水（一般指日取水量10立方米以下）可免于申请取水许可证。但需满足以下条件：
  
  • 取水未影响周边居民用水权益；
    
  • 未造成地下水超采或地质灾害；
    
  • 符合当地政府划定的取水范围。
    
• 注意事项：
  
  • 即使免于审批，仍需向村委会或乡镇政府备案；
    
  • 若后续扩大取水量（如用于灌溉、经营），需及时补办许可证。

3. 若打井行为涉及其他违法情形

• 占用耕地或林地：根据《土地管理法》和《森林法》，未经批准在耕地或林地上打井可能构成非法占地或毁林，需承担恢复原状、罚款等责任。
  
• 污染地下水：根据《水污染防治法》，若打井导致地下水污染，需承担治理责任并赔偿损失。

建议操作步骤

1. 查询当地法规：联系当地水利局或乡镇政府，确认是否需要办理取水许可证；
   
2. 补办手续：若需审批，提交身份证、土地权属证明、取水目的说明等材料；
   
3. 合规使用：安装计量设施，按批准的取水量用水，避免超采。

温馨提示：农村取水问题涉及水资源保护和邻里权益，建议优先通过合法途径解决用水需求。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体地区的法规要求。