在农村打井自用是否违法，主要取决于是否依法办理了取水许可手续、取水的具体来源和用途，以及是否对生态环境和他人权益造成损害。以下是对此问题的详细分析：
合法打井的情况
集体经济组织内的水资源使用：
- 根据《取水许可和水资源费征收管理条例》的相关规定，农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水进行农田灌溉或家庭自用，通常不需要申请领取取水许可证。例如，农民在自家承包地或宅基地内，经村委会同意后打井，且所取水源属于集体经济组织所有，用于家庭自用，即属于此范畴。
遵循相关规定和要求：
- 农民在打井时，还需按照当地水利等相关部门的要求和规定进行，确保不对公共利益和他人合法权益造成损害。这包括打井的深度、位置、方式等，都需符合相关规定，以避免对地下水资源或周围环境造成破坏。
可能违法的情况
未经批准擅自打井：
- 若打井行为涉及地下水资源的开采，且未依照相关法律法规进行申请和审批（除符合上述不需申请取水许可证的情形外），则构成违法行为。此时，无论取水用途如何，都需依法办理取水许可手续。未经许可擅自打井取水，可能会面临行政处罚，包括责令停止违法行为、限期补办手续、罚款等。
破坏生态环境：
- 在生态脆弱地区，如地下水超采区、水源涵养地等，政府有严格的水资源保护政策。在这些区域违规打井，导致地下水位下降、生态平衡破坏等环境问题，同样属于违法行为。这不仅可能面临行政处罚，还可能对生态环境造成长期且难以恢复的损害。
影响他人权益：
- 打井过程中若因选址不当等原因，对相邻土地的使用人或其他村民的合法权益造成侵害，如导致相邻土地塌陷、影响他人原有水源等，这种行为可能构成民事侵权，并可能违反相关法律法规。此时，打井者可能需要承担民事赔偿责任，甚至面临刑事责任。
法律建议与注意事项
了解法律法规：
- 在打井前，务必先向当地水行政主管部门了解相关法律法规和政策要求，确保打井行为符合规定。这包括了解取水许可的申请条件、程序、期限等，以及打井过程中需要遵守的环保、安全等规定。
依法办理手续：
- 如需开采地下水资源，应依法申请领取取水许可证，并缴纳水资源费。这是保护地下水资源、维护供水市场秩序的重要措施。未经许可擅自打井取水，将面临法律制裁。
保护生态环境：
- 在打井过程中，应注意保护生态环境，避免过度开采造成地下水位下降、生态平衡破坏等问题。这包括合理规划打井位置、深度、方式等，以及采取必要的环保措施，如防止水土流失、保护水源地等。
尊重他人权益：
- 在打井过程中，应注意选址合理，避免对相邻土地的使用人或其他村民的合法权益造成侵害。这包括与相邻土地使用人进行充分沟通、协商，确保打井行为不会对他们的正常生活和生产造成影响。
综上所述，农村打井自用是否违法需综合考虑多个因素。为确保行为的合法性，建议农民在打井前充分了解相关法律法规和政策要求，并依法办理相关手续。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。