在仲裁合同尾款纠纷时，已付款凭证通常是需要提交的，这有助于证明付款事实，进而支持或反驳相关主张。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、从仲裁程序的角度

在仲裁过程中，双方当事人需要提交证据来支持自己的主张。已付款凭证作为直接证据，能够证明付款方已经履行了付款义务，或者收款方已经收到了款项。这对于仲裁庭查明事实、分清责任具有重要意义。因此，如果付款方主张已经支付了合同尾款，那么提交已付款凭证是必要的。

二、从合同履行的角度

合同是双方当事人之间设立、变更、终止民事关系的协议。在合同履行过程中，付款是合同义务的重要组成部分。如果付款方未能按照合同约定支付尾款，那么收款方有权要求付款方继续履行付款义务，并可能通过仲裁等法律途径来维护自己的权益。在此情况下，已付款凭证的提交对于证明付款方是否已经履行了付款义务至关重要。

三、从法律后果的角度

1. 如果付款方未提交已付款凭证：

   • 仲裁庭可能无法确认付款方已经履行了付款义务，从而可能支持收款方的主张，要求付款方继续支付尾款。
   • 付款方可能因此承担不必要的法律责任，如支付违约金、赔偿损失等。

2. 如果付款方提交了已付款凭证：

   • 仲裁庭可以确认付款方已经履行了付款义务，从而驳回收款方的主张。
   • 付款方可以避免不必要的法律责任，维护自己的合法权益。

四、实际操作建议

1. 及时收集并整理已付款凭证：在仲裁前或仲裁过程中，付款方应及时收集并整理所有与付款相关的凭证，如银行转账记录、收据、发票等。
2. 确保凭证的真实性和完整性：提交的已付款凭证应真实、完整，能够清晰反映付款事实。如有必要，可以请相关机构或人员出具证明文件。
3. 按照仲裁庭的要求提交证据：在仲裁过程中，应按照仲裁庭的要求提交证据，包括已付款凭证。如有特殊情况无法及时提交，应及时向仲裁庭说明并申请延期。

总结与建议：在仲裁合同尾款纠纷时，已付款凭证的提交对于证明付款事实、维护当事人合法权益具有重要意义。因此，建议付款方在仲裁前或仲裁过程中及时收集并整理已付款凭证，并按照仲裁庭的要求提交。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。