结论：以物抵债涉及工业用地且存在合法部分与违建时，过户需分情况处理，合法部分可依法过户，违建部分需先处理至符合规定后再行过户。以下为具体分析：
一、合法部分过户
前提条件：
- 工业用地中合法部分需具备完整的产权证明，如土地使用权证、规划许可证等。
- 抵债协议需合法有效，明确抵债的标的物为合法部分的工业用地。
过户流程：
- 双方签订以物抵债协议，并办理公证或见证手续。
- 向当地不动产登记机构申请过户登记，提交相关证明材料，包括土地使用权证、抵债协议、身份证明等。
- 不动产登记机构审核材料无误后，办理过户登记手续，颁发新的土地使用权证。
二、违建部分处理
违建认定：
- 违建部分需经相关部门（如城管、规划等）认定，并出具违建认定书。
处理方式：
- 拆除违建：若违建部分无法补办手续或不符合规划要求，需依法拆除。拆除后，剩余合法部分可按上述流程过户。
- 补办手续：若违建部分可补办相关手续（如规划许可证、施工许可证等），则需在补办手续后，将违建部分转为合法，再一并办理过户。
- 分割处理：若违建部分与合法部分可物理分割，且分割后不影响合法部分的使用和价值，可考虑将违建部分单独处理（如拆除或保留但不予过户），仅对合法部分进行过户。
注意事项：
- 在处理违建部分时，需遵守相关法律法规，不得擅自改变土地用途或违反规划要求。
- 若违建部分涉及安全隐患或影响周边环境，需优先处理至符合安全、环保等要求。
三、综合建议
- 尽职调查：在签订以物抵债协议前，应对工业用地进行全面的尽职调查，包括土地性质、规划用途、是否存在违建等。
- 协商处理：若存在违建部分，可与债权人协商处理方案，如拆除违建、补办手续或分割处理等。
- 法律风险防范：在过户过程中，需遵守相关法律法规，确保过户行为的合法性和有效性。如有需要，可咨询专业律师进行法律风险评估和防范。
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