超过起诉期限，被告通常无法直接进行申诉，因为法院的判决是有法律效力的，必须履行。但如果有特殊情况，比如认为超过起诉期限是由于法院不立案造成的，可以尝试通过以下途径寻求救济：
向上一级人民法院申诉或起诉：
- 根据《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第三十二条第三款（现已被《中华人民共和国行政诉讼法》第五十二条修改完善）的规定，如果受诉人民法院在7日内既不立案，又不作出裁定的，起诉人可以向上一级人民法院申诉或起诉。
- 上一级人民法院认为符合受理条件的，应予受理，并可以移交或指定下级人民法院审理，也可以自行审理。
证明超过起诉期限非自身原因：
- 被告需要提供充分证据，证明自己在法定期限内已经向人民法院提起诉讼，但由于法院未予立案或未作出裁定，导致超过起诉期限。
- 例如，可以提供首次起诉的法院收件记录、与法院的沟通记录等证据，以证明自己已在法定期限内采取了行动。
依据立法修改寻求救济：
- 现行《中华人民共和国行政诉讼法》第五十二条对《执行解释》第三十二条第三款进行了修改完善，反映了立法机关对于因法院不立案导致超过起诉期限情形的关注。
- 被告可以依据这一立法修改，主张自己的权利，请求法院允许通过继续起诉的形式寻求救济。
我建议：在尝试上述途径时，被告应确保自己的诉求和证据充分且有力，以最大程度地维护自己的合法权益。同时，也要尊重法院的判决和程序规定，避免采取过激或不当的行为。如有进一步需要，您可以继续咨询我。