员工每天超12小时工作，在一般情况下是不合法的。下面我将从不同角度为您详细分析：
一、正常情况下的不合法性
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。因此，在没有特殊安排和审批的情况下，用人单位要求员工每天工作12小时，明显超出了法定工作时间，属于违法行为。
二、特殊情况下的合法性分析
尽管一般情况下每天工作12小时不合法，但也存在一些特殊情况，使得这种工作安排可能变得合法或得到允许：
加班程序合规：
- 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过一小时；特殊原因下，保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
- 在此情况下，如果用人单位履行了法定加班程序，并支付了相应的加班工资（平时加班支付不低于工资的150%的报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的300%的报酬），那么包含加班时间的每天工作12小时可能是合法的。但需注意，即使协商一致，也不能违反每月加班总时长的限制。
不定时工作制或综合计算工时工作制：
- 对于因工作性质和生产特点不能实行标准工时制度的企业，经劳动行政部门批准，可以实行不定时工作制或综合计算工时工作制。
- 在综合计算工时工作制下，虽然某一具体日的实际工作时间可能超过8小时，但整个计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。例如，一个月约为167小时。这种情况下，即使某一天工作12小时，但在一个计算周期内平均下来符合规定，也是合法的。
- 实行这两种特殊工时制度必须经过劳动行政部门审批，用人单位不能自行决定。
紧急情况下的例外：
- 根据《劳动法》第四十二条，发生自然灾害、事故或因其他原因威胁劳动者生命健康和财产安全需要紧急处理，以及生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障影响生产和公众利益必须及时抢修等情形下，延长工作时间可以不受第四十一条的限制。但这种情况较为罕见，且必须严格遵守法律规定，确保劳动者的安全和健康。
三、劳动者权益保护
- 如果用人单位违反工时规定，强制要求员工长时间工作并未按规定支付相应薪资，将被视为严重违法行为。
- 劳动者有权拒绝超过法定工作时间的工作安排，并有权要求用人单位支付加班费或进行相应的补偿。
- 劳动者可通过与用人单位协商解决争议，协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。
总结：员工每天超12小时工作，在大多数情况下是不合法的。但存在特定情况和法律程序下可能合法的情况。作为劳动者，应充分了解自己的工作时间权益，并在必要时采取适当措施维护自身合法权益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。