员工每天工作超过12个小时，在一般情况下是不合法的。下面我根据相关法律法规进行详细分析：

一. 一般规定

1. 工作时长限制：根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是基本的工作时间规定，任何单位都应遵守。
2. 延长工作时间的限制：根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；在特殊情况下，延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。这意味着，即使经过协商，每日的工作时间也不应超过11小时（8小时+3小时），因此每天工作12小时已经超出了这一限制。

二. 特殊情况 虽然一般情况下每天工作超过12小时是不合法的，但《中华人民共和国劳动法》第四十二条也规定了某些特殊情况下，延长工作时间可以不受上述限制。这些特殊情况包括：

1. 发生自然灾害、事故等紧急需要；
2. 生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，必须及时抢修；
3. 法律、行政法规规定的其他情形。

然而，这些特殊情况并不常见，且即使在这些情况下，也应尽量保障劳动者的身体健康和休息权益。

三. 法律责任 如果用人单位违反劳动保障法律、法规，延长劳动者工作时间，根据《劳动保障监察条例》第二十五条，劳动保障行政部门将给予警告、责令限期改正，并可以按照受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准计算，处以罚款。

综上所述，在一般情况下，员工每天工作超过12个小时是不合法的。我建议员工应了解自己的权益，如遇到超时工作的情况，应及时与用人单位沟通，必要时可向劳动保障行政部门投诉。同时，用人单位也应遵守相关法律法规，保障员工的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。