将法人的工资冲减员工的借款，这一做法是否合法，需分情况讨论：
若员工同意以工资冲减借款：
- 在这种情况下，由于员工已经明确表示同意，这实际上构成了一种双方之间的协议或合意。根据民事法律的基本原则，双方自愿达成的协议，在不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的前提下，是具有法律效力的。因此，如果员工同意用其工资来冲减借款，那么这种做法在法律上是可行的。但需要注意的是，这种冲减应当遵循公司内部的财务制度和工资支付规定，确保不会因此损害员工的合法权益，比如最低工资保障等。
若员工不同意以工资冲减借款：
- 如果员工不同意用其工资来冲减借款，那么公司单方面进行冲减就是不合法的。工资是员工劳动的报酬，属于员工的合法财产权，公司无权擅自处分。此外，如果公司未经员工同意就擅自冲减其工资，还可能构成对员工财产权的侵犯，需要承担相应的法律责任，包括但不限于赔偿员工的损失、恢复工资支付等。
法律背景与建议：
- 从法律角度来看，工资是员工与用人单位之间劳动关系的核心内容之一，受到《劳动法》、《劳动合同法》等法律法规的严格保护。任何涉及工资支付的变动，都需要经过员工的同意，并遵循相关的法律程序。
- 对于公司而言，如果希望以员工的工资来冲减借款，应当事先与员工进行充分的沟通，并取得员工的明确同意。同时，还需要确保这种冲减不会违反相关的法律法规，比如不会低于当地的最低工资标准等。
- 如果员工对公司的工资冲减做法有异议，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果公司未经员工同意就擅自冲减其工资，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。
- 同时，员工还有权向法院提起诉讼，要求公司赔偿因擅自冲减工资而造成的损失。
综上所述，将法人的工资冲减员工的借款是否合法，取决于员工是否同意。如果员工同意，则这种做法在法律上是可行的；如果员工不同意，则公司无权擅自进行冲减。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议。