企业若要起诉交通运输执法部门，可以按照以下步骤进行：
一、收集证据
在起诉前，企业需要收集充分的证据来证明交通运输执法部门的执法行为存在问题。这些证据可以包括：
- 交通执法的现场记录：如执法人员出具的处罚决定书、检查笔录等。
- 执法记录仪影像：如果执法过程中有使用执法记录仪，可以获取相关影像资料作为证据。
- 相关证人证言：如有目击者或知情人士，可以请他们提供证言。
- 自己的行车记录仪记录：如果企业车辆装有行车记录仪，且记录了执法过程，这也是重要的证据。
二、确定管辖法院
企业需要向作出交通执法行为的行政机关所在地的基层人民法院提起诉讼。这是根据行政诉讼法的相关规定，行政诉讼一般由被告所在地法院管辖。
三、撰写起诉状
起诉状是起诉的重要文件，需要明确以下内容：
- 原告和被告信息：包括企业名称、法定代表人或负责人姓名、联系方式等；被告为交通运输执法部门，需写明其全称和地址。
- 诉讼请求：如撤销交通执法决定、要求赔偿等。企业应根据自身情况，明确具体的诉讼请求。
- 事实与理由：详细阐述交通执法行为违法的具体情况，包括执法时间、地点、执法人员行为、违法依据等。
四、准备其他材料
除了起诉状外，企业还需要准备以下材料：
- 原告身份证明：如企业营业执照、法定代表人身份证明等。
- 证据材料：即前面提到的各类证据，需按照法院要求的份数进行复印和整理。
五、提交起诉材料
企业应前往法院立案窗口，将起诉状及相关材料提交给法院。法院在收到材料后，会进行审查。如果符合立案条件，法院会予以受理并出具受理通知书。
六、等待法院审理
法院受理后，会安排开庭时间。双方应按时到庭参加诉讼，进行举证、质证、辩论等环节。在庭审过程中，企业应充分陈述自己的观点和理由，提供充分的证据来支持自己的诉讼请求。
七、等待判决结果
法院会根据审理情况作出判决。如果企业对判决结果不服，还可以在规定时间内上诉。
在起诉过程中，企业需要注意以下几点：
- 保持冷静和理性：起诉是一个法律程序，需要遵循法律的规定和程序。企业应保持冷静和理性，不要采取过激的行为或言论。
- 如实反映情况：在起诉过程中，企业应如实反映情况，提供真实的证据和材料。不要虚构、夸大或捏造事实，以免影响自己的信誉和法律后果。
- 寻求专业法律帮助：如果企业在起诉过程中遇到法律问题或困难，可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助企业更好地维护自己的合法权益。
如果有任何法律问题，可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律帮助。