这张欠条（借款单背面注明欠款总金额并由员工签字）在一般情况下是有效的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 欠条的有效性基础

• 意思表示真实：欠条作为债权债务关系的凭证，其有效性首先取决于双方的意思表示是否真实。如果员工在借款单背面签字确认欠款总金额，且这一行为是其真实意愿的表达，没有受到欺诈、胁迫等非法手段的影响，那么这张欠条在意思表示上是真实的。
• 内容合法：欠条的内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。如果欠款总金额是合法的债务，且没有其他违法内容，那么欠条在内容上是合法的。

2. 签字行为的法律效力

• 签字作为确认方式：员工在借款单背面签字，可以视为对欠款总金额的确认。签字是一种法律行为，具有确认、同意或承诺的效力。因此，员工的签字行为在法律上是有意义的。
• 签字与欠条内容的关联性：关键在于签字是否与欠条内容（即欠款总金额）直接相关。如果签字明确表示了对欠款总金额的认可，那么签字行为就增强了欠条的法律效力。

3. 可能影响欠条有效性的因素

• 签字时的情境：如果员工在签字时受到胁迫、欺诈或重大误解，那么签字行为可能无效，从而影响欠条的整体效力。但这种情况需要员工提供充分的证据来证明。
• 欠条的形式要件：虽然欠条的形式要件相对灵活，但如果欠条存在严重的形式缺陷（如没有明确的债权人、债务人信息，或者欠款金额、日期等关键信息模糊不清），可能会影响其法律效力。不过，从您描述的情况来看，借款单背面注明了欠款总金额，且员工已签字，形式上应无大碍。
• 后续行为的影响：如果员工在签字后通过其他行为（如还款、与债权人达成新的协议等）表明了对欠款总金额的异议或变更，那么这些后续行为可能会影响欠条的效力。但这种情况需要具体分析，且通常不会直接导致欠条无效。

4. 法律建议

• 保留证据：为了确保欠条的效力，建议债权人妥善保管借款单原件，并保留与借款、还款相关的所有证据（如转账记录、聊天记录等）。
• 及时主张权利：如果债权人发现员工未按照欠条约定履行还款义务，应及时通过法律途径主张权利，避免超过诉讼时效。
• 咨询专业律师：虽然这张欠条在一般情况下是有效的，但具体案件中可能存在各种复杂情况。因此，如果债权人或员工对欠条的效力有疑问，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。

总结来看，只要员工在借款单背面签字确认欠款总金额的行为是其真实意愿的表达，且欠条内容合法、形式要件完备，那么这张欠条就是有效的。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。