结论：债务人将农村小产权房协议转让给债权人但未办理水电过户的情况下，债权人申请法院执行可能面临障碍，需结合具体法律程序和财产性质综合判断。

1. 小产权房的合法性与执行障碍

• 法律性质：农村小产权房通常指在集体土地上建造、未取得合法产权证明的房屋，其交易不受法律保护，法院在执行中可能因“权属不明”或“违反法律强制性规定”拒绝处置。
• 执行风险：若债务人仅通过协议转让小产权房，但未办理产权变更登记（如乡镇政府备案），法院可能认定该转让无效或无法强制执行，因小产权房不具备合法物权属性。

2. 水电未过户的影响

• 实际控制权：水电账户未过户可能影响债权人对房屋的实际占有和使用，但法院执行的核心是“财产权属”而非“使用状态”。若房屋本身无法执行，水电问题可能成为次要矛盾。
• 补充证据：债权人可尝试通过水电使用记录、物业证明等材料，辅助证明其对房屋的实际控制，但需以房屋可执行为前提。

3. 债权人可采取的替代方案

• 协议效力审查：若转让协议合法有效（如双方真实意思表示、无欺诈胁迫），债权人可主张债务人违约，要求赔偿损失或返还购房款，但需通过另诉解决。
• 申请财产保全：在诉讼阶段，债权人可申请法院查封债务人名下其他合法财产（如银行存款、车辆等），以保障债权实现。
• 协商补正：与债务人协商完善过户手续（如补办产权证明、协调水电过户），或通过书面协议明确房屋归属，增强执行依据。

4. 实务建议

• 优先核查产权：向当地国土部门或村委会核实房屋土地性质及建设合法性，确认是否具备补办产权的可能。
• 完善证据链：收集转让协议、付款凭证、占有使用证据等，证明债权人与债务人之间的真实交易关系。
• 咨询执行法院：提前与执行法院沟通，了解其对小产权房的执行政策，避免程序浪费。

提示：小产权房纠纷涉及土地管理法、物权法等多重法律，建议债权人携带相关材料面谈，以便进一步分析执行可行性。如有其他法律问题，可直接向我咨询。