逾期本金结清的计算，主要是依据借款合同中的本金数额，不涉及逾期产生的利息、罚息等其他费用。具体分析如下：
一. 逾期本金结清的计算方式
逾期本金结清，即借款人在逾期后，与贷款机构协商只偿还借款本金，而不包括因逾期产生的利息、罚息等额外费用。这种结算方式通常是在借款人逾期时间较长，且贷款机构为了尽快回收资金而做出的一种妥协。
二. 法律依据
虽然逾期本金结清的计算方式相对简单，但并未在具体的法律法规中明确列出。这种结算方式更多的是基于借款合同双方的协商和贷款机构的内部政策。因此，在进行逾期本金结清时，借款人应与贷款机构明确协商，并确保双方对结算金额无异议。
三. 实际操作中的注意事项
协商明确：借款人在与贷款机构协商逾期本金结清时，应确保双方对结算金额、还款方式等关键条款达成一致，并形成书面协议。
避免陷阱：有些贷款机构可能会在协商过程中设置陷阱，如要求借款人在APP上还款，然后以各种理由拒绝承认协商结果。因此，借款人应谨慎对待贷款机构的提议，避免掉入陷阱。
保留证据：借款人在协商和还款过程中，应保留好所有相关证据，如通话记录、短信、邮件、还款凭证等，以备后续可能出现的纠纷。
我建议，在进行逾期本金结清时，借款人应充分了解自己的权益和义务，与贷款机构进行充分沟通，并确保双方对结算方式和金额无异议。如有进一步需要，您可以继续咨询我。