借款10000元只还5000元是否合法，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 双方有明确约定：

   • 如果借款时双方明确约定了还款金额、还款期限等关键条款，并且借款人只按照约定偿还了5000元，而这一行为符合双方之前的约定，那么这种还款行为是合法的。因为合同是双方自愿达成的协议，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。

2. 双方无明确约定或约定不明确：

   • 如果借款时双方没有明确约定还款金额，或者约定不明确，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，借款人应当按照实际借款金额（即10000元）进行偿还。在这种情况下，如果借款人只还了5000元，就构成了不完全履行，出借人有权要求借款人继续偿还剩余的5000元。
   • 此外，如果借款合同中约定了利息，而借款人只还了本金部分（5000元），未还利息，那么借款人还需要根据合同约定支付相应的利息。

3. 存在欺诈、胁迫等情形：

   • 如果借款人在借款过程中存在欺诈、胁迫等行为，导致出借人在违背真实意愿的情况下出借了资金，或者借款人在还款过程中利用欺诈、胁迫等手段只偿还了部分款项，那么这种还款行为是不合法的。出借人有权通过法律途径维护自己的合法权益，要求借款人偿还全部借款及可能产生的利息、违约金等。

法律建议：

• 对于出借人而言，如果借款人只偿还了部分款项，且双方没有明确的约定或者约定不明确，出借人应当及时与借款人沟通，要求其继续偿还剩余款项。如果沟通无果，出借人可以通过法律途径（如起诉）来维护自己的合法权益。
• 对于借款人而言，如果确实存在还款困难，应当及时与出借人沟通，寻求延期还款、分期还款等解决方案。避免因为拖欠还款而引发不必要的法律纠纷。

可能产生的法律后果：

• 如果借款人未按照约定或者法律规定偿还全部借款，出借人有权要求借款人承担违约责任，包括但不限于支付逾期利息、违约金等。
• 在极端情况下，如果借款人长期拖欠还款且拒不履行还款义务，出借人可以通过法律途径申请强制执行，甚至可能将借款人列入失信被执行人名单，对其日常生活和信用记录造成严重影响。

总之，借款10000元只还5000元是否合法，取决于双方是否有明确约定以及借款人的还款行为是否符合法律规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。