结论：借9000元还12000元是否合法，主要取决于借贷的利率设置是否超过了法定保护上限。从您给出的信息来看，若这笔借贷在一年内还清，则年利率达到了约33.33%，这很可能超过了当前法律保护的民间借贷利率上限（即一年期贷款市场报价利率LPR的四倍，当前约为14.2%），因此，在大多数情况下，这种借贷的利率设置是不合法的。
详细分析：
计算借款利率：
- 利息金额为还款总额减去借款本金，即\(12000 - 9000 = 3000\)元。
- 若假设借贷期限为一年，年利率计算公式为\(r = \frac{利息}{本金×时间}\)。将本金9000元、利息3000元、时间1年代入公式，得到年利率\(r = \frac{3000}{9000×1} \approx 33.33\%\)。
法律对于民间借贷利率的规定：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷利率的司法保护上限为一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。
- 截至2024年7月，一年期LPR为3.55%，因此其四倍为\(3.55\% × 4 = 14.2\%\)。
判断合法性：
- 计算出的年利率33.33%远超过了法律保护的一年期LPR的四倍（14.2%），因此超出部分的利息不受法律保护。
- 借款人有权拒绝支付超出部分的利息，如果已经支付，可以通过法律途径要求出借人返还超出法律保护上限部分的利息。
特殊情况考虑：
- 如果借贷期限不是一年，或者还款方式并非简单的到期一次性还本付息，而是涉及复杂的分期还款安排、额外费用等情况，那么实际利率可能会有所不同，需要更细致地分析和计算。
- 在这种情况下，建议借款人仔细审查借款合同中的所有条款，特别是关于费用、罚息和还款方式的约定，以确保自己的权益不受损害。
法律建议：
- 对于任何形式的借贷行为，借款人都应谨慎对待，确保充分了解并同意合同条款后再签字。在签署借款合同前，务必仔细阅读合同条款，特别是关于利率、费用、还款方式等关键内容。
- 如遇高利贷或不合法的借贷行为，应及时采取措施保护自己的合法权益。可以向相关部门举报或寻求法律援助，以维护自己的利益。
示例说明：
假设您与出借人约定，借款9000元，一年后还12000元。按照上述计算，年利率约为33.33%，这明显超过了法律保护的利率上限。在这种情况下，如果您已经签署了借款合同并支付了利息，您有权要求出借人返还超出法律保护上限部分的利息。
总之，借9000元还12000元是否合法，主要取决于借贷的利率设置。在大多数情况下，这种借贷的利率设置是不合法的。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。