在被告申请人身损害因果关系鉴定而原告不同意的情况下，法院会结合全案证据进行判定，并根据鉴定事项对案件关键事实认定的必要性，作出相应处理。具体分析如下：

一、法院对鉴定申请的判定原则

1. 鉴定必要性审查：法院首先会审查鉴定事项是否对查明案件关键事实具有必要性。若鉴定结果对于确定人身损害的因果关系至关重要，且现有证据不足以直接认定该事实，法院通常会倾向于准许鉴定申请。

2. 综合考量双方主张与证据：法院在决定是否准许鉴定时，会综合考量双方的主张、提供的证据以及案件的具体情况。原告需说明鉴定的必要性、关联性以及合理性，而被告虽不同意，但若无合理反驳理由，法院不会仅因被告不同意就驳回申请。

二、被告不同意鉴定的法律后果

1. 可能承担不利推定：若鉴定事项对查明案件关键事实至关重要，且被告无正当理由拒绝鉴定，法院可能依据《民事诉讼法》及相关司法解释的规定，作出对被告不利的推定。例如，在人身损害赔偿案件中，若被告拒绝进行因果关系鉴定，法院可能基于原告提供的初步证据及现有事实，认定被告存在过错并需承担赔偿责任。

2. 影响案件判决结果：被告不同意鉴定通常会使自身处于不利地位，影响案件最终的裁判结果。特别是在鉴定事项对案件基本事实认定具有决定性作用的情况下，被告的无正当理由拒绝可能导致法院倾向于支持原告的主张。

三、法院的具体处理方式

1. 主动委托鉴定：若原告申请鉴定而被告不配合，法院可依查明案件事实的需要，主动委托鉴定机构进行鉴定。这有助于确保鉴定程序的顺利进行，并维护当事人的合法权益。

2. 综合全案证据判决：若现有证据足以认定案件事实，法院可能不依赖鉴定结果而直接作出判决。然而，在鉴定事项对查明关键事实具有必要性且被告无正当理由拒绝的情况下，法院会倾向于支持原告的合理主张，并可能作出对被告不利的判决。

四、建议与注意事项

1. 原告应充分说明鉴定必要性：原告在申请鉴定时，应详细说明鉴定的必要性、关联性以及合理性，以说服法院准许鉴定申请。

2. 被告应提供合理反驳理由：被告若不同意鉴定，应提供合理的反驳理由，以避免法院作出对其不利的推定。

3. 遵守诉讼诚信原则：双方当事人在诉讼过程中应遵守诚信原则，积极配合法院的调查和鉴定工作，以确保案件的公正审理。

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