关于甲方用商业承兑汇票付款，乙方是否可以起诉甲方赔偿承兑利率的问题，结论如下：
若合同中有明确约定：
- 如果双方在合同中明确约定了付款方式为现金或其他非承兑汇票形式，或者约定了使用承兑汇票时甲方需承担的额外费用（如承兑利率、贴现费用等），那么乙方有权依据合同条款起诉甲方，要求其赔偿因使用商业承兑汇票而产生的额外费用，包括承兑利率。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方应当按照约定全面履行自己的义务。若甲方未按照合同约定的方式付款，导致乙方产生额外损失，乙方有权要求甲方赔偿。
若合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定付款方式或使用承兑汇票时的费用承担问题，那么乙方起诉甲方赔偿承兑利率可能会面临一定的法律障碍。因为在此情况下，甲方使用商业承兑汇票付款并不直接构成违约，除非该行为导致乙方无法按时获得款项或产生了其他实际损失。
- 法律建议：乙方可以尝试与甲方协商，看是否能够就承兑利率的赔偿问题达成一致。如果协商无果，乙方可以考虑收集相关证据（如交易记录、沟通记录等），证明甲方使用承兑汇票给其带来了实际损失，并据此向法院提起诉讼。但需要注意的是，这种诉讼的成功率可能会受到多种因素的影响，包括证据的充分性、法院的裁判尺度等。
关于承兑汇票的法律性质：
- 商业承兑汇票是一种由出票人签发，委托付款人在指定日期无条件支付确定金额给收款人或者持票人的票据。它本身是一种合法的支付工具，但使用它可能会产生一些额外的费用或风险，如贴现费用、到期无法兑付的风险等。
- 风险提示：乙方在接受商业承兑汇票作为付款方式时，应当充分了解其法律性质和可能产生的风险，并在合同中明确约定相关费用的承担问题，以避免后续产生纠纷。
总结与建议：
- 乙方是否可以起诉甲方赔偿承兑利率，主要取决于合同中是否有相关约定。如果有约定，乙方可以依据合同条款起诉；如果没有约定，乙方需要收集相关证据证明甲方行为给其带来了实际损失，并考虑是否提起诉讼。
- 在未来的交易中，建议乙方在合同中明确约定付款方式、费用承担等关键条款，以降低法律风险。
- 如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。