仅凭政府同意成立农村合作基金会并在南方日报广告栏公告，并不能直接判定其合法成立。以下从不同角度进行详细分析：
一、合法成立的基本要素
法定程序：农村合作基金会的成立，必须遵循国家相关的法律法规和政策规定，完成法定的设立程序。这通常包括但不限于提交设立申请、提供必要的文件资料、经过相关部门的审批或备案等。
政府批准：虽然政府同意成立是重要的一环，但政府的批准通常只是设立程序中的一个环节，而非全部。政府批准可能意味着该基金会符合了某些政策或规划要求，但并不意味着其已经完成了所有法定程序。
公告与公示：在南方日报广告栏公告，可能是为了满足信息公开或公示的要求。然而，公告本身并不等同于合法成立，它只是信息传递的一种方式。
二、可能存在的法律问题
程序瑕疵：如果农村合作基金会在设立过程中存在程序瑕疵，如未按照法定程序提交申请、未提供完整的文件资料、未经相关部门审批或备案等，那么其合法性可能会受到质疑。
内容违法：即使农村合作基金会完成了所有法定程序，但如果其章程、业务范围或活动方式等违反了国家法律法规或政策规定，那么其仍然可能被视为非法。
三、合法性的判定标准
依据法律法规：判定农村合作基金会是否合法成立，应依据国家相关的法律法规和政策规定。这包括但不限于《社会团体登记管理条例》、《基金会管理条例》等。
审查设立程序：应审查农村合作基金会是否按照法定程序完成了设立申请、审批或备案等手续。
核实业务范围：应核实农村合作基金会的业务范围是否符合国家法律法规和政策规定，以及其活动方式是否合法合规。
四、建议与措施
查阅相关法律法规：为了准确判断农村合作基金会的合法性，建议查阅国家相关的法律法规和政策规定，了解其设立程序和要求。
咨询相关部门：如果对农村合作基金会的合法性存在疑问，可以向当地民政部门、金融监管部门等相关机构进行咨询，以获取更准确的信息。
谨慎参与：在参与农村合作基金会的活动或投资前，应谨慎评估其合法性和风险性，避免陷入非法集资等法律风险中。
如果有关于农村合作基金会合法性或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我会根据具体情况，提供专业的法律意见和建议。