汽车逃逸后双方达成协议，但交警不同意，这通常是因为协议主要涉及民事赔偿，无法替代交警对逃逸行为的行政处罚或刑事处罚。以下是对此问题的详细分析：

一、协议性质与交警职责

1. 协议性质：双方达成的协议，往往聚焦于民事赔偿部分，即解决受害者与肇事方之间的经济赔偿问题。然而，这种协议并不能替代交警对逃逸行为的行政处罚或刑事处罚。

2. 交警职责：交警部门在处理交通事故时，不仅关注民事赔偿问题，更重视对交通违法行为的查处。肇事逃逸是严重的违法行为，不仅侵害了受害者的权益，也破坏了公共交通秩序和法律权威。因此，交警有职责对逃逸行为进行调查和处罚，不会因双方协议而免除。

二、交警不同意的可能原因

1. 逃逸行为构成犯罪：如果肇事逃逸行为已经构成犯罪，如导致人员重伤或死亡，或者造成重大财产损失等严重后果，那么就不能私了。因为此类情况属于公诉案件，公安机关会依法追究肇事逃逸者的刑事责任，私了协议不具有对抗刑事法律责任的效力。此时，即使双方达成协议，交警也不会同意私了，而是会继续追究肇事方的刑事责任。

2. 逃逸行为未构成犯罪，但情节严重：即使肇事逃逸行为未构成犯罪，但如果情节严重，如逃逸后未及时报警、未保护现场等，交警也可能认为需要对肇事方进行行政处罚，如罚款、拘留等。此时，双方达成的协议可能无法涵盖这些行政处罚内容，因此交警可能不会同意私了。

3. 协议内容不合法或不合理：如果双方达成的协议内容存在不合法或不合理之处，如赔偿金额过低、责任划分不明确等，交警也可能不会同意该协议。因为交警需要确保协议内容合法、合理，并符合相关法律法规的规定。

三、应对建议

1. 了解交警不同意的具体原因：首先，需要与负责案件的交警进行沟通，了解其不同意的具体理由和依据。这有助于你更好地理解交警的立场和决定，并为后续的应对措施提供依据。

2. 收集并提交新证据：如果你认为交警的判断有误或存在不合理之处，可以积极收集新证据以支持你的观点。这些证据可以包括事故现场的监控视频、目击证人的证言、对方车辆离开现场的行驶轨迹记录等。将整理好的证据及时提交给交警部门，并申请重新审查案件。

3. 申请复核或复议：如果交警在重新审查后仍维持原决定，你可以在规定时间内向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请，或向上级机关申请复议。复核或复议申请应载明请求及其理由和主要证据。

4. 寻求法律途径解决：如果交通事故造成了严重后果且交警处理不当，你可以持交通事故责任鉴定书向人民法院提起诉讼请求赔偿。法院将根据事实和法律进行公正裁决。

最后，需要强调的是，肇事逃逸是严重的违法行为，无论双方是否达成协议，都无法逃避法律制裁。因此，在遇到类似情况时，建议积极配合交警部门的工作，提供必要的证据和信息，以便更好地履行职责、保障交通安全。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。