核心结论：肇事逃逸后双方达成协议，但交警仍扣车的，一般需配合交警调查，待调查结束、确认无其他违法情形或满足放车条件后，车辆会被放行；若认为扣车不当，可通过合法途径维权。以下为具体分析：
交警扣车的法律依据与目的
- 根据《道路交通安全法》第七十二条，交警因收集证据的需要，可以扣留事故车辆。肇事逃逸属于严重交通违法行为，交警扣车往往是为了全面调查事故原因、责任划分以及是否存在其他违法行为（如酒驾、毒驾、无证驾驶等）。即便双方已达成赔偿协议，交警仍需完成法定调查程序，确保事故处理合法合规。
双方达成协议对扣车的影响
- 双方协议主要解决的是民事赔偿问题，即肇事方对受害方的损失进行补偿。但交警扣车属于行政强制措施，其目的是保障公共安全和交通秩序，与民事赔偿的达成无直接关联。因此，协议的达成不会直接导致车辆被放行，除非交警已完成调查且确认无其他扣车理由。
车辆被扣的后续处理
- 配合调查：车主或驾驶人应积极配合交警的调查工作，提供相关证据（如行车记录仪视频、证人联系方式等），协助查明事故真相。
- 等待放车通知：交警在完成调查后，若确认车辆与事故无关或已无扣留必要，会出具《放车通知书》，车主可凭此到指定地点取回车辆。
- 申请行政复议或诉讼：若认为交警扣车行为违法（如超期扣留、无合法理由等），可在收到《扣留车辆凭证》之日起60日内申请行政复议，或在6个月内直接向法院提起行政诉讼，要求撤销扣车决定或赔偿损失。
特殊情况处理
- 车辆被扣期间的损失：若车辆因扣留产生合理损失（如停车费、营运车辆停运损失等），可要求肇事方在赔偿协议中明确承担；若因交警违法扣车导致损失，可依法申请国家赔偿。
- 逃逸行为的法律后果：肇事逃逸除可能面临行政处罚（如罚款、拘留、吊销驾照）外，若构成犯罪（如交通肇事罪），还将承担刑事责任。双方协议不影响交警对逃逸行为的依法处理。
温馨提示：若对交警的扣车行为有疑问或认为处理不当，建议保留相关证据（如扣车凭证、调查笔录等），并及时向我咨询，我会结合具体案情为您提供专业法律建议。