结论：未缴纳土地出让金即对划拨土地上的商品楼进行确权登记，一般不合法，但存在特殊例外情形。以下从法律原则、例外情形、法律后果三个角度展开分析：

1. 法律原则：划拨土地确权需以“补缴出让金”为前提

根据《城市房地产管理法》第40条及《民法典》第359条，划拨土地使用权转让或用于营利性建设（如商品楼开发）时，必须经有批准权的人民政府批准，并由受让方办理土地出让手续、缴纳土地出让金。确权登记作为物权公示行为，其合法性依赖于土地使用权的合法取得。若未补缴出让金，土地使用权仍属划拨性质，不得直接用于商品楼开发并确权登记，否则违反“房地一体”原则（土地与房屋权利主体需一致）。

2. 例外情形：符合政策或历史遗留问题的处理

实践中存在两类特殊情况可能被认可：

• 政策性豁免：部分地区对特定历史项目（如旧城改造、保障性住房）出台政策，允许在补缴部分出让金或签订长期租赁协议后确权登记，但需以地方性法规或政府文件为依据。
• 历史遗留问题：若商品楼建设于《城市房地产管理法》实施前（1995年1月1日前），且已通过规划、消防等验收，部分地区可能通过“补办手续”方式完善权属，但需满足“无争议、无抵押、无查封”等条件。

3. 法律后果：确权登记可能被撤销，购房人权利受限

若未补缴出让金即完成确权登记，可能面临以下风险：

• 行政撤销：自然资源部门可依据《行政许可法》第69条，以“主要证据不足”为由撤销登记。
• 民事纠纷：若土地被原划拨单位（如政府、国企）主张权利，购房人可能因“无权处分”面临房屋被收回或赔偿风险。
• 交易限制：未补缴出让金的房屋在二次交易时，需先完成土地性质变更，否则无法办理过户。

实务建议

1. 核查土地来源：要求开发商出示《国有土地使用证》及政府批准文件，确认是否已补缴出让金。
2. 要求补充手续：若未补缴，可联合业主向自然资源部门申请补办出让手续，避免权属瑕疵。
3. 诉讼救济：若已确权登记但被撤销，可依据《行政诉讼法》起诉登记机关，主张程序违法或信赖利益保护。

提示：划拨土地上的商品楼交易风险较高，建议购房前委托律师核查土地性质、出让金缴纳情况及政府审批文件。如有具体案例，可进一步提供材料以便分析。