核心前提与问题重述：员工因迟到被扣发工资（涉及金额几百元），需明确用人单位扣发工资的合法性及处理方式。

结论前置：

1. 用人单位不得以迟到为由直接扣发工资，但可依据规章制度扣除部分绩效或全勤奖；
   
2. 若扣发金额超过法定标准或未履行民主程序，员工有权要求补发工资并主张权利。

具体分析：

1. 用人单位扣发工资的合法性边界

根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位不得克扣劳动者工资，但以下情形除外：

• 法定代扣：如个人所得税、社保个人部分、法院判决的抚养费等；
  
• 规章制度约定：若用人单位通过民主程序（如职工代表大会）制定规章制度，明确迟到与绩效、奖金的挂钩规则，且内容不违反法律强制性规定（如扣发后工资不低于当地最低工资标准），则可扣除部分绩效或全勤奖。
  

关键点：

• 若规章制度未明确迟到扣款标准，或扣款后工资低于最低工资标准，则属于违法克扣；
  
• 即使规章制度合法，扣款金额也应与迟到次数、时长成合理比例（如单次迟到扣款不超过当日工资的20%）。

2. 员工维权路径

若用人单位扣发工资违法，员工可采取以下措施：

• 协商解决：与用人单位沟通，要求出具扣款依据的书面文件；
  
• 投诉举报：向当地劳动监察大队投诉（需提供劳动合同、工资条、考勤记录等证据）；
  
• 申请仲裁：若投诉未果，可在1年内向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张补发工资及50%-100%的赔偿金（《劳动合同法》第八十五条）。

3. 实务建议

• 保留证据：保存工资条、考勤记录、规章制度文本、扣款通知等材料；
  
• 优先协商：通过书面形式（如邮件）要求用人单位说明扣款理由，避免口头沟通无记录；
  
• 及时维权：劳动争议仲裁时效为1年，逾期可能丧失权利。

总结：用人单位无权以迟到为由直接扣发工资，但可通过合法规章制度扣除部分绩效。若扣款违法，员工应通过协商、投诉或仲裁维护权益。如有具体证据或细节需进一步分析，可直接向我咨询。