本金和利息可以分别在两个法院起诉，这种做法在法律上是合法的，但具体是否分开起诉需根据案件实际情况和法院的裁量来决定。以下从不同角度为您详细分析：

法律角度

1. 本金和利息的可分性：本金和利息是借贷关系中的两个不同部分，具有可分性。从法律规定来看，债权人有权要求债务人归还本金以及按照约定支付利息。如果债务人未按时归还本金或支付利息，债权人可以选择单独就本金或利息部分提起诉讼。

2. 一事不再理原则的适用：原告将同一合同项下的本金和利息权利分别起诉，并不违反“一事不再理”的法律原则。因为两次诉讼的主体虽然相同，但诉讼客体不同，一是本金，另一是利息。利息是本金产生的孳息，同一贷款合同中利息与本金是完全不同的物，由此派生的两个独立的诉讼请求，是两个可分之诉。

实践角度

1. 法院的裁量权：虽然法律上允许本金和利息分开起诉，但法院在实践中会根据具体情况综合考虑是否分别审理。如果本金和利息之间存在紧密的关联性，法院可能会合并审理以提高诉讼效率，减少当事人的诉累。

2. 诉讼策略的选择：分开起诉能更好地明确诉讼标的，便于法院审理和当事人举证。但需注意，诉讼时效等问题仍需关注。若二者存在紧密关联，法院也可能依职权合并审理。因此，具体是否分开起诉，要综合考虑案件实际情况，权衡利弊，以实现自身合法权益的最优保障。

操作建议

1. 准备充分的证据：无论选择分开起诉还是合并起诉，都需要准备充分的证据来支持自己的主张。对于本金和利息的证明方式及要求，都需精准把握。

2. 关注诉讼时效：在起诉时，要准确陈述本金与利息的计算依据、数额等关键信息，并关注诉讼时效的问题。确保在诉讼时效之内提起诉讼，以维护自己的合法权益。

3. 咨询专业律师：虽然我已经为您提供了详细的法律分析，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在决定是否分开起诉时，建议您咨询专业律师，以便根据案件实际情况制定更合适的诉讼策略。