公司提起行政诉讼应当以公司名义进行，而非法定代表人个人名义。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律主体资格
   根据《行政诉讼法》及相关司法解释，公司作为独立法人，具有行政诉讼原告资格。当公司认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益时，应以公司名义提起诉讼。法定代表人作为公司的代表，其职责是代表公司行使权利、履行义务，但诉讼行为本身仍需以公司名义进行。

2. 授权与决策程序

   • 法定代表人权限：法定代表人通常有权代表公司参与诉讼，但需以公司名义进行，而非个人名义。若公司章程或股东会决议对诉讼代表权有特殊规定，需遵循内部授权程序。
     
   • 决策主体：根据公司章程，股东大会、股东会或董事会可作出以公司名义提起诉讼的决策。此时，诉讼行为仍以公司名义进行，但决策主体需符合章程规定。

3. 公章控制与诉讼受理
   若公司公章被他人掌控，法定代表人仍可自行提出以公司名义的诉讼。根据司法实践，人民法院通常会受理此类案件，但需审查诉讼是否符合公司真实意愿。若公司章程对诉讼主体有特殊规定，需严格遵守。

4. 法律后果与责任承担

   • 公司名义诉讼：诉讼结果（如胜诉或败诉）直接归属于公司，法定代表人个人不承担诉讼结果。
     
   • 法定代表人名义诉讼：若以法定代表人个人名义提起诉讼，可能被认定为个人行为，与公司无关，导致公司权益无法得到保护。

建议：

• 公司应明确内部授权程序，确保诉讼行为符合公司章程和法律规定。
  
• 若公章被他人掌控，法定代表人可及时向法院说明情况，并提供公司章程、股东会决议等证据，证明诉讼行为符合公司意愿。
  
• 如有疑问，建议公司咨询专业律师，确保诉讼行为合法有效。

如有进一步问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业法律支持。