公司有债务纠纷时，是可以变更股东的。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律层面分析

从法律角度来看，公司是独立的法人主体，其债务与股东变更一般并无直接必然联系。股东变更属于公司内部股权结构的调整，只要股权转让符合法定程序和公司章程规定，比如其他股东放弃优先购买权、签订合法有效的股权转让协议等，即便公司有债务纠纷，股东变更也能正常进行。

二、股东变更后的债务承担

股东变更后，公司的债务仍然由公司以其全部财产进行清偿，与转让前后的股东均无直接关联。不过，也存在一些特殊情况：

1. 原股东责任：如果债务产生与原股东存在关联，例如原股东未履行出资义务、抽逃出资等导致公司债务，那么原股东可能仍需对公司债务承担相应责任。
2. 新股东风险：新股东在受让股权时，应充分了解公司的财务状况和债务情况，以降低自身潜在风险。如果新股东在明知公司存在债务纠纷的情况下仍受让股权，且未在股权转让协议中明确约定债务承担方式，那么新股东可能会在一定程度上承担原股东遗留的债务问题。

三、股东变更所需手续

公司进行股东变更时，需要办理一系列手续，包括但不限于：

1. 准备材料：如原公司法定代表人签署的《公司变更登记申请书》、公司签署的《指定代表或者共同委托代理人的证明》及指定代表或委托代理人的身份证复印件、公司章程修正案等。
2. 办理变更登记：将准备好的材料提交至工商行政管理部门，办理股东变更登记手续。
3. 公告与通知：根据相关规定，公司可能还需要进行公告或通知债权人等程序。

四、建议与注意事项

1. 遵循法定程序：在进行股东变更时，务必遵循法定程序，确保股权转让的合法性和有效性。
2. 充分了解情况：新股东在受让股权前，应充分了解公司的财务状况和债务情况，避免陷入不必要的法律纠纷。
3. 明确债务承担：在股权转让协议中，应明确约定债务承担方式，以避免后续产生争议。

总结来看，公司有债务纠纷时并不妨碍股东变更的进行，但务必确保转让程序合法合规，并充分考虑债务纠纷对转让的潜在影响。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。