小区停车三分钟收费是否违法，不能一概而论，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、合法停车区域
如果车辆停放在小区内合法且指定的停车位内，比如小区内的公共停车场、路边划线停车位等，那么不论停放时间长短，都不应被收费，更不会因此被视为违法停车。这种情况下，停车三分钟收费显然是不合理的，也是违法的，因为车主已经按照规定停放在了合法区域。
二、禁止停车区域
如果车辆停放在小区内禁止停车的区域，如消防通道、交叉路口、人行道等，即使停放时间很短，也可能被视为违法停车。在这种情况下，如果小区管理方或相关执法部门对停车三分钟的行为进行收费或处罚，从法律上讲，这种处罚是基于违法停车的事实，而非单纯因为停车时间的长短。不过，具体是否收费以及收费标准，还需依据小区的管理规定和当地的相关法律法规来判断。
三、特定区域的停车规定
有些小区或特定区域可能设有“限停三分钟”的规定，这是为了确保交通顺畅，防止车辆长时间停留造成拥堵。如果小区有此类规定，并且车主在停车时未注意到或未遵守，那么超过规定时间的停车行为可能会受到处罚，包括收费。但这种情况下的收费，是基于违反小区特定规定的事实，而非单纯因为停车三分钟这一行为本身。
四、法律后果与建议
根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，对违反道路交通安全法律、法规关于机动车停放、临时停车规定的，可以指出违法行为，并予以口头警告，令其立即驶离。如果驾驶人不在现场或者虽在现场但拒绝立即驶离，妨碍其他车辆、行人通行的，处二十元以上二百元以下罚款。虽然该法律条款主要针对的是道路上的违法停车行为，但小区内的停车管理也应遵循类似的法律原则和精神。
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