您好，关于您提出的“在职博士签订协议是否违法”的问题，这实际上涉及到了合同签订与履行的法律范畴，而非直接判定为违法行为。下面我将结合相关案例和法律原则，为您详细解答。

首先，从法律角度来看，签订协议本身并不违法，关键在于协议的内容是否合法、双方是否自愿签订、以及协议是否得到了妥善履行。在职博士与单位签订协议，通常是为了明确双方在博士学习期间及学成后的权利与义务，如单位可能承担学习费用、提供生活补助等，而博士则承诺学成后返回单位工作一定年限。这种协议在法律上是被允许的，只要其内容不违反法律法规的强制性规定，且双方自愿签订。

接下来，我引用一个相关案例来进一步说明。某事业单位工作人员熊某，在任职期间参加为期四年的专业博士研究生全脱产学习，并与单位签订了《在职人员参加研究生学历学位教育合同书》。合同中明确约定了熊某学成后需返回单位继续任职。然而，熊某毕业后未经单位许可，单方赴他校工作，违反了合同约定。最终，法院判决熊某向单位返还读博期间的工资及社会保险等待遇。这个案例说明，一旦签订了协议，双方就必须按照协议内容履行各自的义务，否则将承担法律责任。

此外，我还想强调的是，在签订和履行协议过程中，双方都应秉持诚实信用的原则。单位应确保提供的待遇和承诺真实可靠，而博士则应确保自己能够履行学成后返回单位工作的承诺。如果任何一方在签订或履行协议过程中存在欺诈、隐瞒等不诚信行为，都可能构成违约，甚至可能触犯法律。

综上所述，在职博士签订协议本身并不违法，但关键在于协议的内容是否合法、双方是否自愿签订并妥善履行。因此，在签订协议前，建议您仔细阅读协议条款，确保自己能够理解和接受其中的内容，并在签订后严格按照协议履行自己的义务。如果您在签订或履行协议过程中遇到任何问题或疑虑，建议及时咨询专业律师或法律机构的意见。