结论：工厂通过微信转账员工工资这一行为本身并不直接违法，但需满足一定条件且存在潜在风险，具体分析如下：

1. 合法性前提
   根据《工资支付暂行规定》，工资支付需以法定货币形式进行，但未明确禁止通过第三方支付平台（如微信）转账。关键条件是：

   • 员工需书面同意以微信转账方式接收工资（口头同意可能存在举证风险）；
     
   • 工厂需确保转账金额与劳动合同约定一致，且能提供完整支付记录（如微信转账电子凭证）；
     
   • 不得以微信转账为由规避个税缴纳、社保缴纳等法定义务。

2. 潜在风险点

   • 证据留存风险：微信转账记录可能因账号注销、系统更新等原因丢失，若发生劳动纠纷，工厂可能面临举证困难；
     
   • 个税申报风险：若工厂未通过正规工资发放系统申报个税，仅通过微信转账可能被税务机关认定为“隐匿收入”；
     
   • 员工权益风险：若微信账号被盗用或冻结，员工可能无法及时收到工资，引发劳动争议。

3. 合规建议

   • 优先通过银行代发工资，确保资金流向可追溯；
     
   • 若采用微信转账，需与员工签订书面协议，明确转账方式、金额、时间等条款；
     
   • 保留完整的微信转账记录（可截图或通过“微信支付”公众号下载电子凭证），并定期与员工核对工资明细。

总结：微信转账工资不违法，但需严格满足条件并规避风险。若工厂已按上述要求操作，则无需担心法律问题；若存在漏洞，建议尽快整改。如有具体案例或纠纷，可进一步向我咨询细节。