结论：工资通过微信转账在遵守相关法律法规的前提下是合法的，但需注意操作规范和潜在风险。以下从多个角度进行详细分析：
合法性依据
法律未明确禁止：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，并未明确禁止电子支付方式。微信转账作为电子支付手段的一种，并不违反该规定。
- 《工资支付暂行规定（1004年版）》第六条指出，用人单位可委托银行代发工资，但并未禁止其他合法支付方式，如微信转账。同时，该规定要求用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查，这同样适用于微信转账的情况。
实际案例支持：
- 在实际操作中，许多企业已经采用微信转账的方式发放工资，特别是在一些小型企业或个体工商户中更为常见。这些企业通过微信转账方便快捷地完成了工资的发放工作，且未受到法律的制裁。
合法情况
双方约定：
- 用人单位与劳动者可在劳动合同中约定通过微信转账发放工资，只要双方同意且不违反法律规定。
合规操作：
- 微信转账作为电子支付方式，其合法性在于是否按照法律法规进行申报、记录和缴纳相关税费，以及是否保留了完整的支付记录。用人单位应建立健全的财务管理制度，确保转账的准确性，并及时处理任何支付问题。
不合法情况及风险
逃避税费：
- 若公司利用微信转账逃避社保缴纳和个人纳税义务，则属于违法行为。这可能导致税务机关的处罚，并影响公司的声誉和信誉。
证据留存难：
- 微信转账记录作为电子证据，证明效力可能较弱，易被篡改或删除。在劳动纠纷中，如果缺乏规范记录，可能难以核实工资支付情况，从而影响劳动者的权益维护。
支付限额与安全风险：
- 微信转账存在单笔和单日限额的限制，对于工资金额较大的情况可能不适用。此外，虽然微信支付具有一定的安全性，但仍存在被盗刷、诈骗等风险。一旦员工的微信账户被盗或被骗，其工资收入可能会遭受损失。
解决建议与合规措施
规范操作流程：
- 制定详细的微信转账发工资操作流程，明确时间、方式、金额等细节。确保转账信息准确无误，及时与员工确认收款情况。
加强证据留存：
- 保存微信转账记录截图、聊天记录、工资确认信息等相关资料。这些资料在劳动纠纷中可能作为重要证据，用于维护劳动者的权益。
确保合规报税：
- 如实申报个人所得税，避免逃税行为。配合税务机关检查，提供必要的转账记录和资料。这有助于维护公司的合法经营和劳动者的权益。
谨慎操作与保存记录：
- 在进行微信转账时，务必确保转账信息准确无误，并妥善保存所有转账记录。以备不时之需，如劳动纠纷或税务检查等。
总结：工资通过微信转账在合法合规的前提下是可行的，但用人单位需严格遵守相关法律法规，规范操作流程，加强证据留存，并确保合规报税。劳动者也应保留好相关证据，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。