结论前置：
- 一般情况下，交通违章的处罚是针对实际驾驶人的，不会直接扣分或罚款到车主名下。
- 若对方不处理违章，可能会影响车辆的年检等，车主需采取措施解决。
详细分析：
首先，我们需要明确的是，交通违章的处罚原则上是针对实际驾驶人的。也就是说，当对方开您的车在高速上被扣了12分并罚款1000元时，这笔处罚应该是针对实际驾驶人（即对方）的，而不是车主（即您）。这是因为交通违章行为是由实际驾驶人实施的，根据“谁违章，谁负责”的原则，处罚应当由实际驾驶人承担。
从法律角度：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，交通违章行为由公安机关交通管理部门依法进行处罚，处罚对象为实际驾驶人。
- 车主作为车辆的所有者，并不直接承担因他人驾驶车辆而产生的交通违章责任，除非车主存在过错（如将车辆交给无驾驶资格或饮酒后的人员驾驶等）。
若对方不处理违章：
- 对方不处理违章可能会导致其驾驶证被暂扣或吊销，甚至可能面临更严重的法律后果。
- 对于车主而言，虽然违章处罚不会直接扣到您的名下，但对方不处理违章可能会影响车辆的年检等手续。因为车辆年检时，需要确保车辆没有未处理的交通违章记录。
- 如果对方长期不处理违章，车主可以考虑通过法律途径解决，如起诉对方要求其处理违章或赔偿因违章产生的损失。
建议措施：
- 与对方沟通：首先尝试与对方沟通，说明违章的严重性和处理违章的必要性，敦促其尽快处理。
- 保留证据：如果与对方沟通无果，车主应保留好相关证据（如行车记录仪视频、对方驾驶时的照片等），以备不时之需。
- 法律途径：若对方仍不处理，车主可以考虑通过法律途径解决，如向法院提起诉讼，要求对方处理违章或赔偿损失。
可能后果：
- 如果对方长期不处理违章，且车主未采取任何措施，可能会导致车辆无法通过年检，进而影响车辆的正常使用。
- 在极端情况下，如果车主明知对方无驾驶资格或饮酒后驾驶而仍将车辆交给其驾驶，车主也可能面临一定的法律责任。
总之，虽然交通违章的处罚不会直接扣到车主名下，但车主仍需关注违章的处理情况，并采取必要的措施确保车辆的合法使用。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。