核心结论：用人单位未使用农民工工资专用账户发放工资，而是通过基本户发放，属于违规行为，需承担法律责任并整改。以下是具体处理方向及法律依据：

1. 法律责任与整改要求

• 违规性质：根据《保障农民工工资支付条例》第三十一条，施工总承包单位应开设农民工工资专用账户，专项用于支付农民工工资。通过基本户发放工资，违反了专款专用原则，可能被认定为“未依法支付工资”。
• 整改措施：
  • 立即停止通过基本户发放工资的行为；
  • 补开专用账户，将未通过专户发放的工资补录至系统，确保工资支付记录可追溯；
  • 向当地人社部门提交书面整改报告，说明违规原因及整改情况。

2. 行政处罚风险

• 处罚依据：根据《保障农民工工资支付条例》第五十五条，施工总承包单位未开设或使用农民工工资专用账户的，由人社部门责令限期改正；逾期不改正的，处5万元以上10万元以下罚款。
• 应对建议：
  • 主动配合调查，提供工资发放凭证、劳动合同等证据，证明工资已足额支付；
  • 若已整改，可申请减轻或免除处罚。

3. 农民工权益保护

• 工资追索：若农民工因未通过专户发放工资导致权益受损（如工资拖欠、记录缺失），可依据《劳动合同法》第三十条，要求用人单位限期支付，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 证据留存：农民工应保存工资条、银行流水、考勤记录等证据，以便维权时使用。

4. 企业合规建议

• 完善制度：建立专用账户管理制度，明确工资发放流程，确保专款专用；
• 定期自查：每月核对专用账户资金流水与工资发放记录，避免违规；
• 培训人员：对财务、人事等关键岗位人员进行法规培训，强化合规意识。

总结：用人单位需立即整改，通过专用账户规范发放工资，避免行政处罚及劳动纠纷。若已因此引发争议，建议委托律师协助处理，确保合规与风险可控。如有进一步问题，可直接向我咨询。