结论前置：上下级单位发函是否必须回复，需结合函件性质、单位内部规定及法律法规综合判断，具体分为以下情况：

1. 法律或行政规定明确要求回复的情形

若上级单位发函涉及法定职责或行政程序（如要求下级单位报送数据、审批事项、执行政策等），下级单位通常必须回复，否则可能构成行政不作为或违反程序规定。例如：

• 政府职能部门要求下级单位限期反馈整改情况；
  
• 税务机关要求企业报送税务资料；
  
• 法院、检察院等司法机关发函要求协助调查。
  法律依据：根据《行政机关公文处理工作条例》等规定，涉及行政指令、政策执行的函件，接收方需按程序回复，否则可能面临行政问责。

2. 单位内部管理规定要求回复的情形

若上下级单位属于同一系统或集团（如总公司与分公司、母公司与子公司），且内部规章制度明确要求发函必复（如工作协调、项目审批等），则下级单位需遵守内部规定。例如：

• 集团公司要求子公司每月报送经营数据；
  
• 医院要求下属科室反馈患者转诊情况。
  风险提示：违反内部规定可能导致考核扣分、责任追究，但通常不直接引发法律责任。

3. 无明确规定时的处理原则

若函件性质为一般性工作沟通、建议或咨询（如上级单位征求意见、下级单位请求指导），且无法律或内部规定强制要求回复，则无需强制回复，但出于协作效率考虑，建议及时反馈。例如：

• 上级单位发函询问项目进展，但未设定回复期限；
  
• 下级单位发函咨询业务问题，上级单位可选择口头或书面答复。
  实务建议：即使无强制要求，长期不回复可能影响上下级信任关系，建议根据实际需求灵活处理。

4. 特殊情形：涉及合同或民事关系的函件

若上下级单位之间存在合同关系（如委托管理、服务外包），发函内容涉及合同履行（如催款、变更条款），则接收方必须回复，否则可能构成违约。例如：

• 物业公司发函要求业主缴纳费用，业主未回复可能被视为默认；
  
• 承包方发函要求变更工程范围，发包方未回复可能承担不利后果。
  法律依据：根据《民法典》合同编，当事人对合同履行有异议或需变更时，应及时通知对方，否则可能承担责任。

总结：是否必须回复需结合函件性质、规定及法律关系判断。若涉及法定职责、行政程序或合同义务，必须回复；若为一般性沟通，可酌情处理。如有具体案例，可进一步向我咨询细节。