公司仅怀疑员工吃回扣但没有证据时，通常无法直接采取法律行动或立案，但可以从内部调查、证据收集等方面入手，为后续处理做准备。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律层面分析
刑事立案要求：
- 在刑事层面，公安机关等司法机关不会仅凭怀疑就展开立案侦查。立案需要有一定的事实依据，来支撑初步的犯罪嫌疑。例如，对于非国家工作人员受贿罪（公司、企业或者其他单位的工作人员利用职务便利受贿），立案需要有基本的证据表明可能存在犯罪行为，如交易对方关于回扣的证言、涉及回扣的资金流水等。
- 若公司仅凭主观猜测，没有掌握任何能够证明员工吃回扣的实际证据，通常难以直接立案侦查。
民事追责要点：
- 从民事角度看，如果公司想追究员工吃回扣给公司造成的损失等责任，需要自行收集相关证据来证明自己的主张。例如，交易记录、资金流向、相关证人的证言等。
- 若公司拿不出证据，就可能面临举证不能的不利后果，最终难以让员工承担相应责任。
二、公司可采取的措施
内部调查：
- 公司可以先进行内部调查，梳理业务流程，查看是否存在异常交易模式或价格偏离市场行情等情况。
- 观察员工日常行为表现，如生活消费是否与其收入明显不符等。
- 加强公司内部财务审计，检查账目往来有无不明款项。
证据收集：
- 在调查过程中，公司应尽可能收集间接证据，如异常交易记录、员工与相关方之间的通讯记录等。
- 注意收集证据的方式要合法合规，不能侵犯员工的合法权益。例如，与员工谈话并进行合法录音等。
合法合规处理：
- 在没有确凿证据前，公司不要轻易对员工进行公开指责或采取过激措施，以免侵犯员工权益。
- 若之后发现新线索或证据，公司可进一步调查核实，并根据情况决定是否向公安机关报案或通过民事诉讼等途径解决问题。
三、后续处理建议
形成完整证据链：
- 若公司能收集到足够证据，形成完整证据链，证明员工有吃回扣的高度可能性，再行考虑报案或民事诉讼。
- 否则，贸然行动可能浪费司法资源，还可能给员工带来不必要困扰。
加强内部管理：
- 公司应建立更严格的采购、销售流程审批制度，防止类似情况再次发生。
- 加强员工法律意识和职业道德教育，提高员工对吃回扣等违法行为的认知。
合法途径解决争议：
- 若员工不服处理结果，公司应通过合法途径解决争议，如内部申诉、劳动仲裁等。
- 避免采取非法手段或侵犯员工权益的行为。
温馨提示：公司在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，依法依规进行。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。