人民法院在审理行政案件中，经审查认为规范性文件不合法的，并不直接作出认定，而是遵循特定的处理程序。以下是对此问题的详细解答：
一、法院审查规范性文件的权力与依据
根据《中华人民共和国行政诉讼法》，人民法院依法独立行使审判权，这包括了对涉及的规范性文件进行审查的权力。在审查过程中，法院会全面审视规范性文件的合法性，涵盖其是否与法律、法规、规章及上级规范性文件相契合，是否遵循公平竞争原则，是否体现职权与责任相统一的原则，以及制定过程是否公开透明等多个方面。
二、法院对不合法规范性文件的处理程序
不直接认定：对于审查中发现的不合法规范性文件，人民法院不会直接作出认定其不合法的判决。这一做法旨在维护行政权力的合理运行和规范性文件体系的稳定性、严肃性。
裁判理由阐明：在裁判文书中，法院会明确阐述不将该规范性文件作为认定行政行为合法依据的理由。这一步骤对于确保判决的公正性和透明度至关重要。
提出处理建议：法院会向制定机关提出处理建议，并可抄送制定机关的同级人民政府或上一级行政机关。这一举措旨在促使相关行政机关及时纠正违法行为，维护法律的权威性和公正性。
三、法律效力及影响
间接效力：尽管法院不直接认定规范性文件不合法，但其通过裁判理由的阐明和处理建议的提出，实际上对该规范性文件在相应范围内的法律效力产生了影响。这种影响是间接的，但同样具有法律效力。
对行政行为的影响：法院可以依据对规范性文件合法性的审查结果，对依据该规范性文件作出的行政行为作出相应的处理，如撤销、变更或确认违法等。这有助于确保行政行为的合法性和合理性。
对行政机关的规范作用：这一处理程序对行政机关具有规范作用，促使其在制定和执行规范性文件时更加谨慎，从而规范行政权力的行使，维护法律的权威性和公正性。
四、实际操作中的注意事项
证据收集：在审查规范性文件时，法院会注重证据的收集和审查，确保审查结果的公正性和准确性。
程序合规：法院在处理不合法规范性文件时，会严格遵守法定程序，确保处理结果的合法性和有效性。
沟通协调：法院在向制定机关提出处理建议时，会注重与制定机关的沟通协调，以促使问题得到妥善解决。
总结与建议：
人民法院在审理行政案件中，对规范性文件的合法性进行审查并遵循特定处理程序，是维护法律秩序和行政权力合理运行的重要机制。如果您在行政案件中遇到了规范性文件不合法的问题，建议您积极收集相关证据，并在诉讼过程中向法院提出。同时，您也可以关注法院在裁判文书中的理由阐述和处理建议，以了解案件的具体情况和后续处理方向。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。