当您掌握女方出轨并两次同居的证据后，处理这些证据需要谨慎且合法，以下是一些详细的建议：
一、证据的收集与保存
确保证据的真实性与完整性：
- 您可以通过拍照、录像、收集聊天记录、开房记录、证人证言等多种方式收集证据。
- 确保证据能够真实、完整地反映女方出轨并同居的事实。
注意证据的合法性：
- 避免通过非法手段获取证据，如窃听、偷拍等侵犯他人隐私的行为。
- 合法获取的证据在法庭上才具有法律效力。
二、与女方的沟通
坦诚沟通：
- 在掌握证据后，可以选择与女方进行坦诚的沟通，让她了解自己的行为已经对家庭造成了伤害。
- 询问她是否有悔改之意，并尝试通过沟通解决问题。
考虑后续行动：
- 如果沟通无果，或者女方拒绝承认错误，您需要考虑后续的行动，如离婚等。
三、证据在离婚诉讼中的作用
作为损害赔偿的依据：
- 在离婚诉讼中，如果您作为无过错方，可以凭借这些证据要求女方进行损害赔偿，包括物质损害赔偿和精神损害赔偿。
影响财产分割：
- 法院在审理离婚案件时，会考虑双方的过错情况。由于女方存在出轨并同居的行为，法院在财产分割时可能会适当照顾无过错方。
影响子女抚养权归属：
- 虽然子女抚养权的归属主要考虑子女的年龄、性别以及双方的抚养能力等因素，但女方的出轨行为也可能成为法院考虑的一个因素。
四、法律途径与专业帮助
寻求法律人士的帮助：
- 如果您对证据的处理、离婚诉讼的程序等存在疑问，可以寻求专业法律人士的帮助。
- 他们能够根据您的具体情况提供更准确的建议和指导。
了解相关法律规定：
- 熟悉《婚姻法》等相关法律规定，了解自己在离婚诉讼中的权利和义务。
- 这有助于您更好地维护自己的合法权益。
五、注意事项
避免过激行为：
- 在处理证据和与女方沟通的过程中，要保持冷静和理智，避免采取过激行为。
尊重法律程序：
- 如果决定通过法律途径解决问题，要尊重法律程序，按照法律规定进行操作。
概括起来，当您掌握女方出轨并两次同居的证据后，应妥善保存证据、与女方坦诚沟通、考虑后续行动（如离婚）、了解证据在离婚诉讼中的作用，并在必要时寻求法律人士的帮助。同时，要尊重法律程序，避免采取过激行为。