在仲裁过程中，仅确认劳动关系的案件是可以进行调解的。以下是对这一问题的详细分析：
一、调解的法律依据与必要性
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，特别是第四十二条，仲裁庭在作出裁决前应当先行调解。这一规定明确了调解在仲裁程序中的前置性和必要性。调解不仅有助于快速、平和地解决纠纷，节省双方的时间和精力，降低维权成本，还能维护双方的和谐关系，避免矛盾进一步升级。对于仅确认劳动关系的案件，调解同样适用，且往往能取得良好的效果。
二、调解的具体流程
调解的启动：在仲裁庭的主持下，双方当事人可以自愿选择进行调解。这意味着，只要双方同意，就可以进入调解程序。
调解的进行：仲裁庭会组织双方进行协商，努力促成双方达成和解协议。在协商过程中，双方可以就劳动关系的确认、工作年限、工资待遇等关键问题进行讨论，并寻求共识。
调解书的制作与内容：若双方达成协议，仲裁庭将制作调解书。调解书应详细写明仲裁请求（即确认劳动关系）、双方当事人协议的结果（如劳动关系的确认、工作年限的认定等），并由仲裁员签名，加盖劳动争议仲裁委员会的印章。
调解书的送达与效力：调解书制作完成后，将送达给双方当事人。一旦双方签收了调解书，该调解书即发生法律效力，双方必须按照调解书的内容履行各自的义务。这包括确认劳动关系的存在、遵守调解书中约定的各项条款等。
三、调解不成或反悔的处理方式
如果调解未能达成协议，或者调解书在送达前一方当事人反悔，仲裁庭将及时终止调解程序，并依法作出裁决。这确保了仲裁程序的效率和公正性，防止因长时间调解而耽误争议的最终解决。对于仅确认劳动关系的案件而言，如果调解不成，仲裁庭将根据双方提供的证据和法律规定，作出是否确认劳动关系的裁决。
四、调解的优势与实际应用
对于劳动者的意义：通过调解，劳动者可以更快速地获得权益保障，避免长时间的法律纠纷对生活和工作的影响。同时，调解也有助于保护劳动者的隐私和名誉，避免公开诉讼带来的负面影响。在仅确认劳动关系的案件中，调解可以帮助劳动者尽快明确自己的劳动关系状态，从而更好地维护自己的合法权益。
对于用人单位的意义：调解可以减少用人单位的诉讼成本和法律风险，维护企业的声誉和稳定。通过与劳动者进行友好协商，用人单位还可以更好地了解员工的需求和诉求，从而优化企业管理，提升员工满意度和忠诚度。在仅确认劳动关系的案件中，调解有助于用人单位与劳动者建立和谐的劳动关系，减少因劳动关系不明确而引发的纠纷。
在申请仲裁或调解前，无论是劳动者还是用人单位，都应确保保存好相关证据，如工资支付凭证、社保缴纳记录、工作证件等，以证明劳动关系的存在。这些证据对于调解的成功和双方权益的保障至关重要。如果您在劳动关系确认或调解过程中遇到任何问题，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。