针对您提出的“快递原因导致商家扣款怎么赔偿”的问题，这确实是一个涉及多方责任和具体情境的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、赔偿依据与原则
快递原因导致商家扣款，其赔偿依据主要来源于快递服务合同、相关法律法规（如《邮政法》、《消费者权益保护法》等）以及行业惯例。赔偿原则通常遵循“实际损失赔偿”原则，即赔偿金额应能够覆盖因快递问题导致的商家实际损失。
二、具体赔偿情形与方式
快件损毁或丢失：
- 有保价：若寄件人对快件进行了保价，快递商家应按照保价规则赔偿。例如，保价5000元的物品丢失，快递商家应赔偿5000元。
- 未保价：未保价的快件丢失、损毁，根据《邮政法》规定，按照实际损失赔偿，但最高赔偿额不超过所收取资费的三倍。不过，若有证据证明快递商家的故意或重大过失导致物品损失，可要求其全额赔偿实际损失。
快件延误：
- 根据《快递服务》国家标准，同城快件超过承诺时限3日、异地快件超过承诺时限7日未送达，可视为快件延误。快递商家应根据延误时长及给寄件人（在此情境下为商家）造成的实际损失给予相应赔偿，赔偿方式可协商，如减免快递费用、赔偿因延误导致的额外成本等。
内件短少：
- 寄件人（商家）需提供物品价值的证据，如购买凭证等。快递商家核实后按实际短少物品价值赔偿。
三、赔偿流程与建议
保留证据：
- 商家应保留与快递服务相关的所有证据，包括快递单号、购买凭证、商品实物（如可能）、与快递公司的沟通记录等。这些证据将有助于证明交易的存在、商品或服务的问题状况以及实际损失。
与快递公司沟通：
- 商家应以平和、理性的态度联系快递公司，说明问题所在及赔偿诉求。沟通方式可选择线上客服、电话或到快递公司当面沟通。在沟通时，清晰准确表达自己的观点，并记录沟通内容。
依据法规维权：
- 若快递公司拒绝赔偿或赔偿方案不合理，商家可参考《消费者权益保护法》、《邮政法》等相关法律法规，向快递公司强调其应承担的责任和义务。
寻求第三方介入：
- 若与快递公司协商无果，商家可向邮政管理部门、消费者协会等第三方机构投诉，请求协助处理。也可根据实际情况，考虑通过仲裁或诉讼途径解决。
四、注意事项
- 在整个赔偿过程中，商家应保持冷静，依法依规维护自己的合法权益。
- 赔偿诉求应基于实际损失和相关法律规定，避免提出不合理或过高的赔偿要求。
- 与快递公司沟通时，注意保留沟通记录，以备后续需要。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。