针对您提出的“招投标工程超合同怎么办”这一问题，我会结合实际情况，从不同角度为您详细解析处理方式。
一、明确超合同的原因
首先，我们需要明确工程超出合同金额的具体原因。这通常包括以下几种情况：
- 正当原因：如合理的工程变更、物价波动等，这些因素可能导致合同金额需要相应调整。
- 擅自超出：未经正当程序，一方擅自增加合同金额，这可能构成违约。
- 违法行为：如串通投标等违法行为导致合同金额不合理增加。
二、根据原因采取相应措施
1. 正当原因导致金额增加
若因正当原因（如工程变更、物价波动）导致合同金额超出，双方应通过协商来签订补充协议。在协议中，需要明确以下几点：
- 增加部分的计价方式：明确新增工程或材料的计价标准，避免后续争议。
- 支付条件：约定新增部分的支付时间、方式等，确保双方权益。
- 合规性审查：确保补充协议符合相关法律法规和招标文件的要求，避免合规风险。
2. 擅自超出合同金额
若未经正当程序就超出合同金额，这可能构成违约。此时，违约方需要承担违约责任，包括但不限于：
- 支付违约金：根据合同约定，违约方可能需要支付一定比例的违约金。
- 赔偿损失：违约方需要赔偿因违约给对方造成的实际损失。
- 法律途径：若协商无果，受损方可以通过法律途径维护自身权益，如提起诉讼或申请仲裁。
3. 违法行为导致金额增加
如果涉及串通投标等违法行为导致合同金额不合理增加，相关责任人会面临行政处罚，情节严重的还会触犯刑律，被依法追究刑事责任。因此，一旦发现此类违法行为，应立即向相关部门举报，并配合调查。
三、风险控制与合规建议
- 加强合同管理：在合同签订阶段，应明确合同范围、变更程序、计价方式等关键条款，避免后续争议。
- 建立变更管理机制：对于工程变更，应建立严格的变更管理机制，确保变更经过正当程序审批，并签订补充协议。
- 合规性审查：在合同履行过程中，应定期进行合规性审查，确保合同履行符合相关法律法规和招标文件的要求。
- 证据链构建：对于所有变更和协商过程，应保存完整的证据链，包括会议纪要、邮件、现场照片等，以备后续争议解决之需。
四、实际案例参考
- 正面案例：某桥梁工程中，因地质条件异常需增加桩基深度。双方依据合同变更条款，及时签订补充协议，明确新增部分的计价方式和支付条件，最终顺利完成工程。
- 反面教训：某医院EPC项目擅自增加净化车间面积未报批，导致无法通过竣工验收。承包商不仅承担了整改费用，还支付了合同额一定比例的违约金。
综上所述，当招投标工程超出合同金额时，应首先明确超合同的原因，然后根据原因采取相应的措施。同时，加强合同管理和风险控制，确保合同履行符合相关法律法规和招标文件的要求。希望这些建议能对您有所帮助。