公司将个人工资一部分拿出来做绩效是否合法，需分情况讨论：
一、合法的情况
劳动合同有明确约定：
- 若劳动合同中已明确规定了绩效工资的相关条款，包括工资构成中绩效工资的比例、考核标准及发放方式等，且这种安排是基于双方自愿、平等的基础上达成的，那么公司将部分工资作为绩效工资来发放是合法的。这符合《劳动合同法》中关于劳动合同内容应由双方协商一致的规定。
规章制度合法有效且员工知晓同意：
- 公司规章制度中若详细规定了绩效工资的考核标准、发放方式等，并且这些规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表平等协商）并公示，同时员工也知晓并同意了这些规定，那么公司将部分工资作为绩效工资来发放同样合法。这要求公司在制定规章制度时遵循法定程序，并确保员工充分了解其内容。
未降低劳动者实际收入：
- 即便实施了绩效工资制度，公司也应确保员工的实际收入不因此明显降低。如果调整后的工资结构在员工达成正常绩效目标的情况下，其实际收入不低于原工资水平，或者虽有调整但调整幅度合理且符合双方约定，那么这种调整是合法的。
二、不合法的情况
未经民主程序和协商一致：
- 如果公司未经职工代表大会或全体职工讨论，未与工会或职工代表平等协商，也未取得劳动者的书面同意，就擅自将原工资扣除一部分作为绩效工资，这种行为违反了《劳动合同法》中关于劳动合同变更应经双方协商一致的规定，侵犯了员工的合法权益。
违反最低工资标准：
- 无论工资结构如何调整，公司支付给员工的工资都不能低于当地最低工资标准。如果实施绩效工资制度后，员工在正常提供劳动的情况下实际到手的工资低于当地最低工资标准，这种做法是违法的。
单方面变更劳动合同且缺乏合理依据：
- 劳动合同是双方自愿达成的协议，任何一方不得单方面变更其内容。如果公司未经与员工协商一致就擅自改变工资结构，将原工资扣除一部分作为绩效工资，且这种变更缺乏合理依据（如未明确考核标准、考核标准不合理等），那么这种行为同样违法。
三、员工权益保护建议
- 如果员工认为公司的绩效工资制度不合法或自己的合法权益受到侵害，可以首先与公司进行协商解决，要求公司说明绩效考核制度及依据，并寻求合理调整。
- 协商不成的，员工可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门对公司进行调查并责令其改正违法行为。
- 员工也可以申请劳动仲裁，要求公司按照合法合理的工资构成支付工资。对仲裁结果不服的，还可以依法向人民法院提起诉讼。
总结来看，公司将个人工资一部分拿出来做绩效是否合法，取决于劳动合同的约定、公司规章制度的合法性及民主程序、员工同意情况以及实际收入是否降低等多个因素。员工在面对此类情况时，应了解自己的合法权益，并在必要时采取相应措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。