签合同时写明不认可部分条款，该条款是否生效需分情况讨论：
若双方已就条款修改达成一致：
- 在合同签订过程中，如果一方对某些条款提出异议，并且双方经过协商后，对异议条款进行了修改并达成了一致意见，那么这些修改后的条款是有效的。因为合同是双方意思表示一致的产物，只要双方对修改后的条款没有异议，且这些条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么它们就具有法律效力。
若仅单方面声明不认可，未达成一致：
- 如果一方在合同中单方面声明不认可某些条款，但并未与另一方就这些条款的修改或删除达成一致意见，那么这些被声明的条款在合同中仍然可能被视为有效。因为合同的成立需要双方的意思表示一致，单方面的声明并不能改变合同的内容。除非这些条款存在法律规定的无效情形（如违反法律、行政法规的强制性规定，违背公序良俗等），否则它们将按照合同原样生效。
- 特殊情况：如果合同中存在格式条款，且提供格式条款的一方未履行提示或者说明义务，致使对方没有注意或者理解与其有重大利害关系的条款的，对方可以主张该条款不成为合同的内容。但这一规定并不适用于双方已经就条款进行过协商并达成一致意见的情况。
合同整体效力与部分条款效力：
- 即使合同中的某些条款被声明为不认可或无效，这并不影响合同中其他条款的效力。合同是一个整体，各个条款之间相互关联、相互影响。如果部分条款无效或被声明为不认可，但其他条款仍然符合法律规定的生效要件，那么这些其他条款仍然是有效的。
法律建议：
- 在签订合同时，如果对某些条款存在异议，建议与对方进行充分的沟通和协商，争取达成一致意见并对合同进行相应的修改。
- 如果无法就异议条款达成一致意见，可以考虑在合同中明确约定这些条款的效力或处理方式，以避免后续产生纠纷。
- 在签订合同前，务必仔细阅读合同条款，确保自己理解并同意其中的内容。如果有任何疑问或不确定的地方，可以向专业律师咨询。
可能法律后果：
- 如果合同中的某些条款被声明为不认可但并未得到对方的认可，且这些条款并不存在法律规定的无效情形，那么在合同履行过程中，这些条款仍然可能被视为有效，并可能导致一方承担不利的法律后果。
- 如果因为合同条款不明确或存在争议而导致纠纷，双方可能需要通过诉讼或仲裁等方式来解决。这将耗费双方的时间和精力，并可能带来额外的经济损失。
因此，在签订合同时，务必谨慎对待每一个条款，确保自己的权益得到充分保障。如果有任何法律问题或疑问，可以直接向我咨询。