村委会通常无权直接将自然升级的国有土地与企业签订集体土地租赁合同。以下是对此问题的详细分析：

一、土地性质与权属是关键

1. 国有土地与集体土地的区别：

   • 国有土地：所有权归国家所有，村委会无权处置。
   • 集体土地：所有权归村集体所有，村委会作为村集体的代表，有权进行经营管理，包括出租等行为，但必须严格遵守法律法规。

2. 自然升级的国有土地：

   • 如果土地原本为集体土地，后因某种原因（如国家征收、政策调整等）升级为国有土地，那么其权属已经发生变更，村委会不再拥有该土地的所有权或处置权。

二、村委会签订土地租赁合同的限制

1. 合法授权与程序：

   • 村委会签订土地租赁合同，必须基于合法的授权和程序。对于集体土地，出租行为需经过村民会议三分之二以上的成员或三分之二以上的村民代表同意。
   • 对于国有土地，村委会无权直接签订租赁合同，除非得到国家的明确授权或相关法律法规的特别规定。

2. 土地用途与规划：

   • 无论是集体土地还是国有土地，其用途和规划都必须符合相关法律法规的要求。村委会不能随意改变土地用途，如将农业用地转为非农业用地。

三、企业签订土地租赁合同的注意事项

1. 核实土地权属：

   • 企业在与村委会签订土地租赁合同前，必须核实土地的权属情况，确保土地为集体所有且村委会有权出租，或者土地为国有但村委会得到了合法授权。

2. 审查合同内容：

   • 合同内容应详细、合法，并明确双方的权利与义务。包括土地的具体位置、面积、租赁期限、租金数额及支付方式、土地使用要求、违约责任及争议解决方式等。

3. 履行必要程序：

   • 涉及村民利益的重大事项，如土地租赁，应依法经村民会议讨论决定，并获得必要的同意。同时，建议前往相关部门办理登记或备案手续，以增强合同的法律效力。

四、法律后果与风险提示

1. 合同无效：

   • 如果村委会未经合法授权或违反程序签订土地租赁合同，可能导致合同无效，给企业带来经济损失和法律风险。

2. 法律纠纷：

   • 违反法律法规签订的土地租赁合同，可能引发法律纠纷，包括但不限于合同解除、赔偿损失、行政处罚等。

建议：企业在与村委会签订土地租赁合同前，务必进行充分的法律尽职调查，核实土地权属、用途及规划情况，并确保合同内容合法、明确，程序合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。